C'est à l'occasion d'un projet de construction immobilière que des investigations mettent à jour différents vestiges témoins de l'évolution du site : un habitat suburbain et une nécropole païenne à l'époque antique, une basilique funéraire à l'époque paléochrétienne puis l'agrandissement par deux fois de cet édifice à l'époque médiévale. Au cours de cette dernière période, le site est le siège du chapitre des chanoines de Saint-Just. L'église-collégiale et les habitations qui l'entourent possèdent une muraille défensive distincte de l'enceinte principale de la ville. Cet ensemble est détruit en 1562 pendant les guerres de religion et l'église est reconstruite en 1735 mais sur un autre site à proximité.

Sous la responsabilité de Jean-François Reynaud, les fouilles se déroulent en plusieurs campagnes entre 1971 et 1974, puis entre 1978 et 1980.

À la fin de l'opération, le terrain est racheté par la Ville qui l'aménage en jardin archéologique. La gestion du site est transférée au département du Rhône en 1991.