L'Opéra Comique est créé sous le règne de Louis XIV, en 1714. Il s'agit de l'une des plus anciennes institutions théâtrales et musicales de France avec l'Opéra de Paris (anciennement Académie royale de musique) et la Comédie-Française.

A partir de 1783, l'Opéra Comique présente ses saisons dans un théâtre qui a pris le nom d'un fameux auteur de livrets, Charles-Simon Favart. Par deux fois, en 1838 et 1887, la salle Favart brûle puis est reconstruite sur le même terrain Inaugurée le 7 décembre 1898, la troisième salle fut reconstruite, à l'emplacement où se trouve encore aujourd'hui le théâtre national de l'Opéra-Comique, place Boieldieu dans le 2e arrondissement de Paris, par l'architecte Louis Bernier avec une riche statuaire.

Les difficultés financières du théâtre dans les années 1930 entraînent l'intervention de l'Etat qui, le 13 août 1936, rapproche par décret l'Opéra-Comique du théâtre national de l' Opéra pour former la Réunion des théâtres lyriques nationaux (RTLN). Le 17 janvier 1939, la nouvelle structure devient un établissement public à part entière, placée sous l'égide du ministère de l'Education nationale.

Après une première fermeture en 1971, l'Opéra-Comique cesse son activité le 30 novembre 1972 pour devenir de 1974 à 1978, un lieu de formation pour les jeunes chanteurs sous le nom d'Opéra-Studio créé par Rolf Liebermann et avec Louis Erlo comme directeur. La Réunion des théâtres lyriques nationaux est dissoute le 7 février 1978 au profit d'une nouvelle structure : le Théâtre national de l'Opéra. La salle Favart devient alors la seconde salle de spectacle de l'Opéra et c'est dans ce contexte qu'a lieu la recréation d'Atys de Lully par William Christie et Jean-Marie Villégier en 1987.

La salle Favart recouvre son indépendance en 1990 sous forme d'une association loi de 1901 et est successivement dirigée par Thierry Fouquet (1989-1994), Pierre Médecin (1994-2000) et Jérôme Savary (2000-2007).

Par décret n° 2004-132 du 20 novembre 2004, le théâtre national de l'Opéra-Comique devient, à compter du 1er janvier 2005, un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle du ministre chargé de la culture. Il a pour mission d'assurer, en direction du public le plus large, la production et la diffusion d'oeuvres lyriques et de spectacles et de mettre en valeur la diversité des expressions, de l'opéra baroque à la création contemporaine et le patrimoine de l'Opéra-Comique. Depuis le 27 juin 2007, l'Opéra-Comique est dirigé par Jérôme Deschamps.

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