Le collège de Pontoise est fondé le 4 mai 1564, dans le but de combattre la réforme protestante. Pendant tout l'Ancien régime, il jouit de l'autonomie pour la gestion matérielle, mais sa vie morale et scolaire est réglée par des statuts directement inspirés et fermement défendus par l'Université de Paris.
Pendant la Révolution, la commune de Pontoise cherche à entretenir l'ancien collège, désormais sécularisé. Il devient d'abord école centrale supplémentaire, le 15 fructidor An IV (1er septembre 1796), puis acquiert son statut d'école secondaire communale par un arrêté du 8 pluviôse an XI (28 janvier 1803), en application de la loi du 11 floréal an X (1er mai 1802). Dès 1811, l'établissement est définitivement désigné sous le nom de Collège de Pontoise.

En 1903, le collège quitte les locaux vétustes du centre-ville pour être installé sur le haut du versant oriental de la ville dominant la vallée de l'Oise. Pendant la Première guerre mondiale, il est partiellement transformé en hôpital militaire avant que celui-ci ne déménage au nouveau quartier de cavalerie en 1916. La hausse continue des effectifs scolaires illustre à la fois le prestige de l'établissement et le progrès de l'enseignement dans la société française puisqu'ils passent d'une vingtaine d'élèves en 1810 à 304 en 1920, dont 150 pensionnaires et 70 demi-pensionnaires.

L'établissement porte actuellement le nom de Collège Jean-Claude Chabanne, en souvenir d'un ancien collégien fusillé en 1942 par l'occupant pour fait de résistance.