Le Bureau paraît avoir toujours accordé une grande attention aux archives de l’Hôtel de Ville : le prévôt des marchands Michel Étienne Turgot procéda notamment à leur réorganisation et à l’agrandissement des locaux où elles étaient déposées entre 1729 et 1736 ; par ailleurs, Antoine Moriau, procureur du Roi et de la Ville de 1722 à 1758, fit exécuter des copies des anciens comptes. La Révolution leur fut moins favorable. Entassées pour la plupart dans des greniers de la maison commune, elles y furent déjà l’objet de vols importants. L’Agence temporaire des titres fit transporter au Palais de justice où se trouvait la section judiciaire des Archives nationales nouvellement créées les titres, minutes et registres concernant la juridiction de la Ville qui formaient déjà une collection à part. En 1798, le Bureau de triage des titres se livra sur les archives restées à l’Hôtel de Ville à des travaux de triage qui aboutirent à la destruction des anciens comptes (comptes de la Ville antérieurs à 1634, comptes des aides, dons et octrois accordés par le Roi à la Ville de 1425 à 1679) et à la dispersion de l’ensemble entre plusieurs établissements : le département de la Seine, la Bibliothèque nationale, mais aussi la Comptabilité nationale et le ministère de l’Intérieur et de la police — deux institutions au sein desquelles on ne trouve plus trace des documents qu’elles ont reçus — et surtout la section domaniale des Archives nationales.

Des documents demeurés à l’Hôtel de Ville, une partie (relative à l’ancienne intendance et généralité de Paris ainsi qu’aux corporations et communautés supprimées) fut encore versée aux Archives nationales en 1809. Le reste, dont faisait partie la collection, demeurée intacte, des registres paroissiaux de Paris disparut dans l’incendie du 24 mai 1871.