Le fonds du bureau militaire, comme l’ensemble des séries modernes des Archives départementales de la Haute-Garonne, est extrêmement lacunaire. Les archives de la préfecture, à la suite des déménagements successifs et d’importantes éliminations, ont perdu nombre de documents. De plus le respect des fonds n’a pas été rigoureux.Le fonds du bureau militaire était classé à l’origine aux Archives départementales de la Haute-Garonne en série R continue. En application de la circulaire du 16 décembre 1965 qui a prescrit de répartir les documents entre les dix sous-séries actuelles, une recotation fut entreprise. Ont été créées les sous-séries 1 R (recrutement), 4 R (garde nationale), 5 R (gendarmerie), 6 R (sapeurs pompiers) et 7 R (marine ainsi qu’un reliquat de quarante registres, répertoriant les arrêtés du bureau militaire de la préfecture).Tous les documents qui ne correspondaient pas aux thèmes de ces sous-séries formèrent la sous-série 2 R. Y furent également cotés des registres et des dossiers de procédure des conseils de guerre pour la période de l’an VIII à 1836, dont la provenance est inconnue : ont-ils été confiés par l’autorité militaire à la préfecture ou ont-ils été versés aux Archives départementales directement par l’armée ? Et à quelle date ? Aucun document qui aurait pu répondre à ces questions n’a été trouvé dans les archives du service.Par ailleurs, le service historique de l’armée de terre (maintenant service historique de la Défense) a effectué un versement en 1975 de quelques documents concernant le conseil de guerre de la 17ème région militaire pour la période 1911-1914. Ces articles étaient jusqu’à présent cotés en série W.