L'Ecole de chirurgie (appelée « Amphithéâtre d'anatomie » jusque dans les années 1970) a été fondée par un arrêté du Conseil général des hospices du 21 décembre 1821 pour mettre fin aux dissections clandestines auxquelles se livraient certains chirurgiens. Dès 1833, les bâtiments encore inachevés construits rue du Fer-à-Moulin dans le 5e arrondissement de Paris accueillent des internes et externes des hôpitaux. A sa création, l'établissement a deux missions : l'enseignement de l'anatomie dispensé aux médecins et élèves-médecins et la recherche. Il change progressivement de public et s'oriente vers la formation et le perfectionnement des chirurgiens et élèves-chirurgiens des hôpitaux de l'AP-HP puis s'ouvre aux chirurgiens de la province et de l'étranger. Depuis 1996, le nombre d'internes en chirurgie augmente car des cycles d'enseignements sont offerts à ceux qui viennent d'être nommés.

L'Ecole de chirurgie est rattachée à l'Agence générale des équipements et produits de santé (AGEPS), elle-même rattachée à la Direction générale de l'AP-HP. Elle est dirigée par un directeur scientifique, chirurgien des hôpitaux, assisté d'un directeur de l'enseignement et d'un directeur de la recherche. L'enseignement pratique est dispensé selon un programme élaboré par le Conseil pédagogique. Il comprend des diplômes universitaires (DU), des enseignements thématiques, des démonstrations. Les techniques enseignées sont enregistrées et conservées au sein de la médiathèque de l'Ecole. La recherche prend la forme de protocoles expérimentaux soumis à l'approbation du Conseil de recherche.

Les planches d'anatomie constituent un support d'enseignement privilégié jusqu'à une période récente, où elles ont été petit à petit supplantées par les outils et supports numériques. Néanmoins, elles offrent par leur qualité esthétique et la précision du dessin une valeur artistique indéniable. Les figures d'anatomie ont été dessinées à la craie de couleur et au pinceau. Par la finesse et la justesse du tracé, elles devaient constituer des documents exceptionnels pour la formation des étudiants. Certaines ont été réalisées à partir des dessins de Louis-Hubert Farabeuf (1841-1910). Ce professeur d'université, ni chirurgien ni obstétricien en exercice, a organisé l'enseignement pratique de l'anatomie et de la médecine opératoire. Lors de ses cours magistraux, sa préparation minutieuse vise à préférer le dessin simplificateur au discours. Les traits se succèdent, indiquant la place d'un nerf, d'une artère, d'une veine, d'un tendon...

Les planches anatomiques étaient rangées dans la bibliothèque de l'Ecole de chirurgie où l'on conservait tout le matériel pédagogique nécessaire à l'apprentissage de l'anatomie du corps humain. Elles étaient également accrochées au mur à l'intérieur des salles de dissection (cf. photos de l'Ecole de chirurgie, 3FI/4).