Les dossiers administratifs constitués pour chacune des demandes permettent de suivre tout le cycle de vie de ces missions, du dépôt de la demande à l’achèvement et parfois même au-delà. Ils portent un témoignage sur l’essor de disciplines telles l’anthropologie et l’ethnographie dans la deuxième partie du XIXe siècle. La plupart des dossiers sont munis d’un bordereau constitué par le service des missions récapitulant l’ensemble des pièces qui ont formé le dossier. Dans les dossiers analysés, l’expression « demande de mission » signifie que la mission n’a pas été accordée ou n’a pas eu lieu, le mot mission étant réservé aux missions réellement effectuées. Les dates indiquées dans l’inventaire correspondent soit au dépôt de la demande lorsque la mission n’a pas été accordée soit aux décrets d’obtention des missions. Outre de la correspondance et des rapports, les dossiers peuvent contenir des pièces justificatives rendant compte des résultats de la mission : cartes, dessins, photos, relevés météorologiques. Ces pièces peuvent cependant ne plus se trouver dans les dossiers, soit parce qu’après leur réception et examen elles ont donné lieu à des publications et ont été reprises par les intéressés, soit parce qu’elles ont été attribuées à d’autres institutions (Musée ethnographique du Trocadéro, Muséum d’histoire naturelle, Bibliothèque nationale etc.). Les rapports de missions et publications jugés les plus intéressants étaient publiés accompagnés de cartes et de photographies sous les auspices du ministère. Avant 1849, on les recherchera dans le Journal général de l’Instruction publique puis l’administration entreprit de publier, sous le titre Archives des Missions scientifiques et littéraires un recueil destiné à reproduire intégralement, par extraits ou résumés, les rapports adressés au ministre par les missionnés. Cette publication était distribuée gratuitement à un certain nombre de personnes et d’établissements dont la Bibliothèque impériale. Le premier volume de cette publication qui, malgré quelques interruptions devait durer jusqu’à la guerre de 1914, parut en 1850. À la fin de 1889, les Archives des Missions scientifiques et littéraires formaient trois séries : la première comprenait 8 volumes (1850-1859), la deuxième 7 volumes (1864-1872) et la troisième 15 volumes (1872-1889) et une table (volume 16 de la série III).