La loi du 30 juin 1838 décide la création dans chaque département d'un asile destiné à l'accueil des aliénés. Dans le département de l'Yonne, le premier établissement à usage des malades mentaux est bien antérieur à cette date. En 1672, l'hôpital général d'Auxerre est crée, et installé le long de la route de Paris. S'il ne constitue pas un lieu de soin, il représente un espace de regroupement de déments, mais aussi de mendiants, de vieillards, d'infirmes et d'incurables. Un autre hôpital général est institué à Sens dès 1710, qui est supprimé au cours de la période révolutionnaire. Les conditions de vie y sont très précaires : les reclus sont fréquemment mis aux fers dans des cellules malsaines. À partir du début du XIXe s., sous l'influence des premiers aliénistes, les conditions de vie et d'hébergement des malades mentaux évoluent : l'hôpital général d'Auxerre cède la place à la maison de secours des aliénés en 1824. Les termes de la loi de 1838 instituent également un statut administratif du malade. Deux types de placements sont désormais possibles : le placement volontaire, réalisé à la demande du malade ou de sa famille, et le placement d'office, ordonné par l'autorité départementale (le Préfet) pour assurer la protection de l'aliéné et la sécurité publique. L'asile départemental d'aliénés de l'Yonne voit donc le jour en application de la loi du 30 juin 1838. Son premier médecin-chef-directeur, Henri Girard (devenu Henri Girard de Cailleux par décret du 14 avril 1860) nommé en 1840, bouleverse profondément le paysage de l'ancienne maison de secours des aliénés d'Auxerre. Influencé par les idées des aliénistes du début du XIXe s. (Pinel, Esquirol et Ferrus), il conçoit cet établissement comme un outil de guérison : l'architecture y est vue comme une contribution à la thérapie des maladies mentales. Entre 1840 et 1855, les anciens bâtiments laissent progressivement la place à des constructions nouvelles, inspirés par une volonté d'ordre : le bâtiment de l'administration trône au milieu de la cour d'honneur ; de part et d'autre, les espaces des patients masculins et féminins sont établis, les malades y sont répartis selon leur comportement (paisibles, épileptiques, agités, etc.). Dans l'esprit des aliénistes du milieu du XIXe s., le travail occupe une place primordiale dans le traitement des pathologies mentales : des ateliers sont aménagés, la vigne dite de la Chaînette, à proximité directe des bâtiments asilaires, est achetée en 1852 ; la colonie agricole du Verger à Perrigny est acquise en 1883. En 1860, Henri Girard de Cailleux étant nommé inspecteur général des aliénés de la Seine, le modèle auxerrois s'exporte vers la capitale : l'organisation des asiles Sainte-Anne de Paris et de Ville-Evrard à Neuilly-sur-Marne est calquée sur le modèle icaunais. Après le départ de Girard de Cailleux, les techniques de prise en charge des pathologies mentales évoluant peu, l'architecture des bâtiments auxerrois ne subit que peu d'évolutions. Le nombre de patients augmente sensiblement tous les ans : d'une centaine vers 1850, ils sont presque 300 en 1914.