Bien que la maison forte n'ait pas toujours été résidence principale, différents indices montrent que c'est néanmoins là que les archives familiales et seigneuriales ont été accumulées au cours des siècles, avec des conditions de conservation plus ou moins aléatoires (poussière, humidité, rongeurs, oiseaux, insectes...).

Les archives antérieures à la Révolution avaient-elles fait l'objet d'un inventaire spécifique ou d'un rangement physique rationnel, comme cela a parfois été le cas dans certaines seigneuries qui recouraient au service de feudistes ? Il n'en reste pas de trace. Par contre, quelques mentions dans les papiers de gestion de la seigneurie nous informent qu'un inventaire des titres avait été réalisé à Maugny le 18 août 1732. Il s'agit là d'un inventaire après décès, à la mort de Pierre François Nicod de Maugny. À cette occasion, non seulement les meubles et les objets de la maison ont été répertoriés mais aussi tous les papiers, sommairement décrits sans préoccupation de classement, dans l'ordre où ils se présentaient ; un numéro (une cote) leur a été attribué, noté à l'encre sur chaque pièce. Cet inventaire n'a pas été retrouvé dans le fonds 161 J mais comme un double avait été insinué par le notaire au bureau du tabellion de Thonon, il peut être consulté sous la cote 6 C 1200. Il fournit de multiples informations : 239 cotes y sont décrites dont une majorité subsiste dans le présent fonds. Les archives étaient alors situées dans le « poile », terme désignant généralement une pièce chauffée par un poêle à bois, et conservées dans une « garde robe sapain » et « un gros coffre ». On constate que les registres de reconnaissances étaient un peu regroupés, ainsi que les dossiers de nombreuses procédures judiciaires. Mais la majorité des actes à la pièce étaient entassés en désordre chronologique.

Sur certains actes, il a aussi été repéré un numéro assorti d'une croix potencée, qui pourrait correspondre à un autre inventaire non identifié. Enfin le cas d'une triple cotation (numéro d'inventaire de 1732, croix potencée suivie d'un numéro et autre numéro seul) se présente également.

Albert de Maugny avait, au début des années 1860, emporté temporairement un certain nombre de titres familiaux anciens à Paris, vraisemblablement pour les faire étudier par un généalogiste, et il avait demandé en 1861 des copies d'actes aux archives générales du royaume à Turin. La démarche pourrait s'expliquer par un désir de faciliter son introduction dans les milieux aristocratiques parisiens en prouvant une ascendance noble et ancienne.

Son fils, le dernier comte Clément de Maugny, s'est beaucoup intéressé à l'histoire de Maugny et plus largement du Chablais, ainsi qu'à la généalogie de sa famille. Il avait regroupé à part les actes qui lui semblaient les plus intéressants, sans toutefois opérer un classement du fonds au sens archivistique. De nombreuses pièces ont été fréquemment soustraites, au moins temporairement, pour des communications, des prêts à des érudits locaux ou encore dans le cadre du long et vaste chantier de rédaction de l'armorial de Foras. Certains de ces documents n'avaient jamais réintégré Maugny et quelques-uns sont même entrés aux Archives départementales par d'autres voies. Ainsi a été repérée dans le fonds 60 J dit « Marcel Sauthier » une liasse de documents originaux des XVe-XXe siècles provenant sans conteste de la maison forte de Maugny, certains portant le numéro de l'inventaire de 1732, d'autres des commentaires de la main du dernier comte ou de son épouse. Ils ont ainsi pu être réintégrés dans le fonds lors du classement.

Quant aux archives familiales des XIXe et XXe siècles, le désordre était tout aussi grand lors de l'entrée aux Archives départementales. Quelques rares dossiers constitués subsistaient ainsi que quelques liasses de lettres regroupées par destinataire mais la correspondance contemporaine des deux derniers comtes a été en grande majorité éclatée lors de la constitution de lots en vue des ventes aux enchères, le seul critère de répartition retenu par le prestataire de vente étant la valeur potentielle des autographes de personnalités.