Le fonds de la préfecture d’Alger concernant le culte musulman représente 3.5 ml de documents regroupés initialement en 25 cartons.La période couverte va de 1851 à 1956, mais la plus grande partie des pièces se situe entre 1870 et 1932. Initialement, les liasses avaient été empaquetées et rangées dans des sacs en toile côtés de 2U1 à 2U158. On mesure donc l’importance des lacunes existantes : la nouvelle cotation va de 2U1 à 2U25 et s’organise ainsi :91 2U 1 : Organisation et affaires générales.91 2U 2-91 2U 12 : Personnel.91 2U 13-2U 15 : Bâtiments (mosquées et marabouts).91 2U 16-2U 17 : Ecoles coraniques.91 2U 18 : Matériel.91 2U 19 : Biens habous.91 2U 20-2U 23 : Confréries.91 2U 24-2U 25 : Pèlerinage locaux.Ces documents émanent principalement du Service des Affaires Indigènes de la Préfecture (qui devient en 1942 le Bureau des Affaires musulmanes), du 1 bureau (administration départementale) et du 2eme bureau (administration communale).Les dossiers concernant le personnel des mosquées, les bâtiments ainsi que le matériel, montrent que la préfecture y jouait surtout un rôle de transmission des affaires, entre la Direction des Affaires Indigènes du Gouvernement Général, en émettant parfois un avis.Les autres affaires, par contre, en particulier la surveillance des confréries religieuses et des pèlerinages locaux, relève directement de la préfecture qui centralise les rapports des maires ou administrateurs des communes du département, accorde des autorisations diverses, règle les contentieux, etc…Les quatre cartons relatifs aux confréries sont essentiellement constitués de rapports de renseignements, émanant des administrateurs des communes mixtes. On possède pour la période 1902-1903, une série de rapports très détaillés sur les confréries dans les Territoires du Sud (Division d’Alger). Il faut noter, enfin, l’absence de tout dossier sur le pèlerinage à la Mecque.Si les pièces de principes sont peu nombreuses, il faut toutefois signaler les dossiers relatifs à la création de deux organismes de première importance dans l’administration du culte musulman : la Commission de surveillance et d’administration des mosquées et surtout l’Association cultuelle musulmane de la ville et du département d’Alger qu’on retrouve tout au long des différentes affaires, puisque ses attributions touchaient aussi bien au personnel qu’à l’entretien des bâtiments et à la gestion du matériel.L’intérêt majeur de ce fonds est d’illustrer précisément la spécificité de l’administration du culte musulman et toutes les difficultés qui en découlent. La loi du 9 décembre 1905 sur la Séparation de l’Eglise et de l’Etat, et son application en Algérie par le décret du 27 septembre 1907 entraînent un remaniement dans l’organisation des cultes, mais aussi tout un cortège de demandes, contestations, requêtes, qui par leur complexité, poussent souvent le préfet à demande l’avis du Gouverneur Général. L’organisation du culte musulman en AlgérieL’arrêté ministériel du 30 avril 1851organisa le culte musulman qui avait jusqu’alors successivement dépend du Ministère de la Guerre, du Bureau de la justice et des cultes (rattaché à la Direction des Affaires de l’Algérie en 1846), et de l’administration civile indigène (1848).Le Service Spécial de l’Administration civile indigène avait les attributions suivantes :-       Surveillance et police des mosquées, marabouts, zawiyas et autres établissements religieux.-       Propositions pour les emplois du culte.-       Règlement et acquittement de toutes les dépenses de personnel et d’entretien des bâtiments religieux.Par une circulaire d’application (mai 1851), les mosquées furent recensées et réparties en cinq classes, tandis qu’étaient déterminés le nombre et les traitements des fonctionnaires du culte et des employés des mosquées : le « clergé musulman » officiel était créé.On superposa au personnel « inférieur » : imam, mufti, avec deux grands muftis à Alger (un pour le rite malékite et un pour le rite hanéfite). L’Association cultuelle musulmane de la ville et du département d’AlgerLe décret du 27 septembre 1907 porte application à l’Algérie de la loi du 9 décembre 1905. L’art. 2 de ce décret affirme que « la République ne reconnait, ne salarie, ni ne subventionne aucun culte. L’art. 17 prévoit que des « associations pourront se constituer pour subvenir aux frais, à l’entretien et à l’exercice public d’un culte ».Les édifices servant à l’exercice public du culte et appartenant à l’Etat, aux départements et aux communes devaient être laissés gratuitement à la disposition des associations cultuelles, après qu’il ait été procédé, par les agents de l’administration des domaines, à un inventaire des biens mobiliers et immobiliers des dits-édifices.Le contrôle financier de ces associations était exercé par l’administration de l’enregistrement.Dirigée par un conseil d’administration et un président élu pour trois ans, l’Association cultuelle choisissait et soumettait à l’agrément du Gouverneur Général les agents du culte pouvant prétendre à des indemnités de fonction. Commission de Surveillance et d’Administration des mosquées.Cette commission fut créée par arrêté préfectoral du 8 nov.1871.Elle se composait d’un conseiller de préfecture, président, des deux muftis d’Alger et de trois laïcs (portés à cinq par arrêtés préfectoral du 10 juin 1886).Une note du préfet du 14 juillet 1873 en fixe les attributions :1/examiner les édifices affectés au culte musulman et désigner ceux d’entre eux qui pourraient être supprimés ou déclassés sans porter atteinte aux besoins réels et légitimes d’un point de vue religieux, de la population musulmane.2/ étudier les points de la décision ministérielle du 30 avril 1851 portant organisation du culte musulman, qui doivent être modifiés ou supprimés, et présenter un projet de réorganisation générale du culte qui puisse répondre aux besoins actuels.3/préparer le budget de sous-répartition des dépenses du matériel de toutes les mosquées du département.La plus grande partie des documents couvre la période 1870-1932. Les dossiers concernent le personnel des mosquées, les bâtiments ainsi que le matériel. Quatre cartons relatifs aux confréries sont constitués de rapports parfois très détaillés émanant des administrateurs de communes mixtes.