Au sein de la direction des Transports terrestres du ministère de l'Équipement, la sous-direction des transports par voies navigables (VN) est chargée de l'élaboration et de la mise en œuvre de la politique de l'État en matière, de transport fluvial, de voies navigables, avec pour objectifs la valorisation du réseau, la modernisation des professions et le développement du transport et de la plaisance. Elle se compose de deux bureaux :

C'est en 1978 que l'administration des Voies navigables intègre la direction des Transports terrestres, suite à une réorganisation des ministères chargés de l'Environnement et du cadre de vie ainsi que des Transports. C'est le décret n°78-534 du 12 avril 1978 relatif aux attributions du ministère des Transports qui fixe les missions de ce ministère, ainsi, l'administration des Voies navigables est transférée du ministère de l'Equipement vers le ministère des Transports (art.1er). L'administration des Voies navigables, ne naît, cependant pas à cette date, dès le XIXe siècle, la gestion des voies navigables est un service d'administration centrale. Dans un premier rattaché à la direction générale des Ponts-et-Chaussées du ministère de l'Intérieur, il devient à la fin du XIXe siècle un bureau de la direction des routes, de la Navigation et des Mines du ministère des Travaux publics puis de l'Équipement.

Le décret n° 2005-471 du 16 mai 2005 fixant l'organisation de l'administration centrale du ministère chargé de l'équipement, des transports, de l'aménagement du territoire, du tourisme et de la mer, et notamment son article 9, crée la direction générale de la Mer et des Transports qui regroupe les services en charge des Transports (Direction des transports terrestres) et de la Mer (Direction du transport maritime, des ports et du littoral et la direction des Affaires maritimes). La direction des Transports terrestres et la sous-direction des Voies navigables disparaissent donc à cette date et rejoignent la nouvelle direction générale qui est organisée par l'arrêté du 23 mai 2005 portant organisation de la direction générale de la mer et des transports. C'est alors la direction des transports maritimes, routiers et fluviaux et plus particulièrement la sous-direction des ports, des voies navigables et du littoral et la sous-direction des transports maritimes et fluviaux qui est en charge des voies navigables. En effet, la direction des transports maritimes, routiers et fluviaux (DTMRF) élabore la politique de l'État dans le cadre communautaire du transport de marchandises ; elle propose les modes d'interventions appropriés (réglementation, incitations …). Elle participe à la définition de la politique de sûreté du transport de marchandises. La DTMRF élabore la réglementation et les modes de régulation économique (subventions, aides fiscales…) des activités de transport maritime, routier et fluvial. Elle fixe les règles spécifiques relatives à ces activités et aux professions (accès à la profession de transporteur routier ou de transporteur fluvial, police portuaire …). Elle définit les mesures de sécurité dans le domaine du transport fluvial. Elle est également chargée de la réglementation sociale spécifique applicable aux salariés des entreprises du secteur des transports terrestres. La DTMRF élabore enfin la réglementation propre au domaine public fluvial et maritime, portuaire et naturel. La DTMRF a la responsabilité de promouvoir les modes alternatifs à la route, notamment au travers de projets innovants comme les autoroutes ferroviaires ou les autoroutes de la mer et de contribuer ainsi au développement de l'intermodalité. Elle participe au suivi économique des secteurs dont elle a la charge (formation des prix, coûts de revient …). La DTMRF s'assure du respect des règles internationales relatives à la sûreté portuaire et fluviale. Elle participe à la promotion de la formation professionnelle pour tous les secteurs des transports terrestres. Elle est, de plus, chargée du suivi des conventions collectives et des négociations collectives applicables aux transports terrestres. Par son action, elle concourt à un développement des activités économiques du littoral (ports de plaisance…) respectueux de son environnement. La DTMRF coordonne la politique de l'État en matière de transport de marchandises par sa participation à la mise en œuvre des décisions du CIADT en matière d'équipement du territoire en grandes infrastructures fluviales et maritimes. Elle contribue à la gestion des opérations contractualisées d'infrastructures dans le domaine fluvial, portuaire ou du transport combiné, relevant des contrats de plan État-région. Elle a également la responsabilité de coordonner les initiatives de développement du transport de marchandises par des modes alternatifs à la route, notamment au travers de projets innovants d'autoroutes ferroviaires ou d'autoroutes de la mer. La DTRMF exerce la tutelle des entreprises et établissements publics nationaux intervenant dans ses domaines de compétence. Elle est chargée du contrôle du respect de réglementations spécifiques (contrôles fluviaux, contrôles sur route et en entreprise …).

Enfin, en 2008, lors de la fusion des ministères chargés de l'Équipement et de l'Environnement par l'arrêté et le décret du 9 juillet 2008 portant organisation du ministère de l'Écologie, de l'Énergie, du développement durable et de l'Aménagement du territoire, c'est la direction générale des infrastructures, des Transports et de la Mer qui reprend les fonctions de l'ancienne DGMT. Plus particulièrement, c'est le bureau des transports fluviaux de la sous-direction des ports et des transports fluviaux, de la direction des services de transports. La sous-direction élabore les orientations de la politique relative au développement des ports maritimes et intérieurs. Elle exerce de la tutelle des ports relevant de l'État et de la Chambre nationale de la batellerie artisanale. Elle élabore la réglementation et régulation économique des ports et des services de transport fluvial, et de réglementation relative à l'usage des infrastructures portuaires et aux services portuaires. Elle élabore et met en œuvre les réglementations relatives à la police portuaire, à la sécurité et, en liaison avec la mission sûreté défense, à la sûreté des ports. Elle définit les orientations relatives à la sécurité et à la police de la navigation des transports fluviaux et, en liaison avec la mission sûreté-défense, à la sûreté des transports fluviaux, proposition à cet effet des dispositions législatives, élabore et met en œuvre des réglementations, en liaison avec la direction des affaires juridiques. Elle définit et coordonne, en liaison avec les ministères en charge de l'intérieur, de la défense, des finances, de l'industrie et de la justice, de la politique du contrôle des transports fluviaux, suivi de l'application des sanctions et de leur harmonisation. Elle contribue, dans le domaine des ports et du transport fluvial et maritime, aux analyses et études économiques. Elle recueille et traite les données dans les domaines du transport maritime et des ports. Elle participe aux réflexions sur les effets du transport maritime et fluvial sur l'environnement.

Aujourd'hui, les fonctions de gestion des transports et de la mer sont rassemblées au sein de la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer est chargée de la définition d'une politique de transports transversale, sans distinction de mode. Elle est chargée de la programmation des infrastructures « tous modes », favorisant le report modal. Elle doit également s'assurer de la bonne gestion et du bon entretien du patrimoine correspondant. Elle met en œuvre une régulation économique appropriée de ce secteur et des services de transports de personnes et de marchandises. Elle garantit la sécurité des infrastructures et services de transports correspondants. Elle apporte un traitement spécifique au secteur du trafic et des professions maritimes, du fait du statut particulier de la mer, notamment au travers de sa régulation internationale.

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