Au sein de la préfecture de Côte-d'Or, les affaires sont gérées par le bureau des cultes et permettent de faire le lien, au ministère de l'Intérieur et des cultes, avec le ministre et le bureau de la comptabilité, pour l'essentiel des dossiers, et avec les différentes autorités des cultes non-catholiques (Église réformée, Consistoire israélite).

Culte protestant :

Le culte protestant est organisé par la loi du 18 germinal an X et le décret du 26 mars 1852. Dès 1826, la préfecture s'interroge sur la pratique d'un culte anglican en raison de la présence d'Anglais à Dijon. L'Église réformée de Dijon, culte protestant majoritaire en Côte-d'Or, est créée par une ordonnance du 2 février 1829. L'organisation du culte et la gestion des ministres du culte commence véritablement dans les années qui suivent. A partir de 1852, Dijon est le siège d'un Consistoire qui réunit les départements de Côte-d'Or, de Haute-Marne et de Saône-et-Loire. Le découpage des Consistoires se faisait sur la base de six mille fidèles, ce qui explique l'écart entre la création de l'église réformée et celle d'un Consistoire. La Côte-d'Or ne faisait pas partie du grand arc protestant traversant la France de la Charente à la Drôme en passant par le sud du Massif central. Le nouveau Consistoire installé à Dijon relève pour sa part de la troisième circonscription synodale de Paris. En 1872, la diversité des cultes protestants se manifeste lorsqu'un pasteur de la société évangélique demande à la préfecture l'autorisation d'exercer ce culte en Côte-d'Or et notamment à Châtillon-sur-Seine.

La réorganisation du culte protestant par Bonaparte est bénéfique aux protestants. Malgré l'édit de tolérance élaboré par Lamoignon de Malesherbes en 1787, et les avancées de la période révolutionnaire en la matière, le culte est désorganisé. Bonaparte supprime leur structure synodo-presbytérale en la remplaçant par des Consistoires, et en leur sein, par des églises. Les ministres du culte, à partir d'un décret du 15 germinal an XII, sont tous rémunérés par l'État.

Une fois que la réglementation est mise en place par les articles organiques et que l'Église réformée est créée à Dijon, la préfecture organise la gestion du personnel du culte réformé en faisant le lien entre le conseil presbytéral et le ministère de l'Intérieur et des cultes. Elle conserve la validation des élections accordée par le ministère, gère la carrière des pasteurs (nomination, création de poste, congés, démission), et fait transiter les demandes d'indemnités et de secours de ces derniers, dont elle conserve les décisions. L'ensemble consacré au personnel du culte est aujourd'hui uniforme sur la période concernée et permet un suivi chronologique de l'évolution des carrières des pasteurs en Côte-d'Or.

La comptabilité du culte protestant, très lacunaire, doit être impérativement mise en lien avec la comptabilité des cultes non-catholiques, pourtant lacunaire elle aussi. Les dépenses et comptes de gestion du culte protestant ne sont conservés à part par la préfecture que pour les années 1870-1876, puis 1894-1895. La comptabilité des cultes non-catholiques s'étend de 1830 à 1892, mais avec de grandes périodes lacunaires – en particulier de 1857 à 1869 et de 1881 à 1891. Il est donc nécessaire de compléter ses recherches par un examen approfondi de la gestion du personnel et des biens du culte, au sein de la série, et par l'apport de sources complémentaires (F/19 aux Archives Nationales, Cultes ; série P des Archives communales ; 83 J aux Archives départementales de la Côte-d'Or, archives de l'Église réformée de Dijon, 1607-1999) .

Les archives concernant la police du culte protestant permettent d'avoir un aperçu général de la surveillance avant de se concentrer sur le quotidien, puis sur des affaires plus ponctuelles. Pendant toute la période concordataire, la préfecture s'informe des affaires protestantes, qu'elles concernent les pasteurs, les temples ou le Consistoire central. Pour l'essentiel, il s'agit d'organiser le quotidien et d'appliquer les lois, à travers le dépôt légal, les fêtes religieuses, les questions d'inhumations (à mettre en lien avec les affaires générales sur les cimetières, sujet de dissension récurrent entre les différents cultes) et l'établissement de nouveaux lieux de culte. Plus ponctuelles, les demandes de renseignement particulières surviennent avec les affaires de conversion au protestantisme ou de prosélytisme qui donnent lieu à des plaintes.

Enfin, la documentation concernant les biens de l'Église réformée de Dijon est régulière sur la période, sans être exhaustive. Il est question de constructions de temples, de rentes et legs, ainsi que d'états des propriétés foncières qui préparent, à la fin du XIXe siècle, les grands inventaires, qui seront réalisés lors de la séparation de l'État et de l'Église en 1905.

Culte israélite :

Lorsque le juriste Portalis publie des travaux inédits concernant le Concordat de 1801, plus de quarante ans plus tard, il explique en détail les raisons qui ont poussé à la reconnaissance des cultes dont il est question dans la série. La religion se place au-dessus des hommes et de leurs ambitions de pouvoirs. En cela, elle s'oppose à l'athéisme dont elle triomphe parce qu'elle inspire la crainte, et fonde la morale. Par ailleurs, Bonaparte, lorsqu'il met le Concordat en place, souhaiterait que les Églises catholique et protestante, toutes deux chrétiennes, se rejoignent pour ne constituer à terme qu'un seul culte dominant. C'est ce qui explique en partie la reconnaissance du culte protestant. Il en va autrement pour le culte israélite qui n'est pas tant la manifestation de la pratique d'une religion que la reconnaissance d'un peuple. Pour cette raison, ce n'est qu'en 1806 que Napoléon organise le culte israélite par une série de décrets. Leur réception est bien différente de celle faite par les protestants. Elle achève l'uniformisation de l'organisation du culte israélite, qui jusque là, distinguait encore fortement les juifs séfarades du sud-ouest de la France, des juifs ashkénazes, installés essentiellement en Alsace-Lorraine. Les juifs séfarades, déjà très intégrés à la société française, perdent beaucoup au change et de façon plus générale, l'histoire conflictuelle millénaire entre les catholiques et les juifs a des conséquences importantes sur l'organisation du culte et sur les archives conservées pour la période concordataire.

Là où l'État, par le biais du bureau des cultes de la préfecture, commence par des décrets et la création d'églises réformées pour les protestants, l'organisation du culte israélite débute par un dénombrement de la population et se distingue par la grande importance conférée à la connaissance des biens mobiliers et immobiliers des israélites, dont la richesse notoire mène à une forte imposition. La police du culte disparaît du paysage pour ne laisser que l'organisation générale du culte, la question de l'immobilier (construction de synagogue, cimetière), les affaires de personnel, la comptabilité et l'imposition.

Contrairement au culte protestant, l'autorité au sein du culte israélite, est représentée à la fois par un rabbin, ministre du culte nommé et rémunéré par l'État, et par un groupe de notables élus pour former un onsistoire. Cette autorité bicéphale permettait aux notables de garder la main haute sur l'organisation du culte tout en bénéficiant des statuts concédés au culte par la présence d'un ministre du culte. Au cours du XIXe siècle se produit un rééquilibrage entre les deux entités avec, comme chez les protestants, un certain renouveau du culte, renouveau général constaté en Europe.

L'organisation du culte israélite est en grande partie conditionnée des décrets de 1806-1808 et c'est ce qui constitue l'essentiel des archives de la préfecture du début du XIXe siècle. Le premier décret confirme le règlement approuvé par l'Assemblée des notables qui avait été appelée par Napoléon pour réfléchir à la réorganisation de la communauté israélite en France. Le second décret crée un Consistoire central et des Consistoires régionaux formés de notables et de rabbins choisis par deux mille fidèles au moins. Comme pour le culte protestant, le traitement des ministres du culte est prévu par ces décrets. En 1818, le troisième décret, « décret infâme » qui obligeait les juifs à fixer leur nom de famille, n'est pas renouvelé. En 1830, les frais du culte israélite sont assurés par l'État. La dernière date majeure pour ce culte au XIXe siècle est la mise en place, en 1849, du suffrage universel dans les consistoires.

Dans la pratique, on procède tout d'abord au dénombrement précis de la population israélite. Cet état des lieux permet ultérieurement au bureau des cultes d'exiger de ses citoyens la présentation de patentes et de créances hypothécaires ainsi que d'éléments qui servent au recouvrement des dettes de la communauté de Metz, une affaire qui remonte aux cahiers de doléances produits en 1789 pour l'assemblée des États-Généraux. Les membres de l'ancienne communauté juive de Metz s'étaient largement dispersés en France mais devaient malgré tout continuer de rembourser la dite dette. Il en résulte de nombreuses protestations et une correspondance régulière avec le bureau des cultes de la préfecture.

Si l'imposition des israélites est bien renseignée, la question de la comptabilité du culte israélite est assez peu nourrie avant l'extrême fin du siècle et semble liée à l'arrivée d'un nouveau comptable au sein du consistoire. Il faut donc se référer à des sources complémentaires pour compléter la connaissance de la gestion des dépenses de ce culte à Dijon.

La question du personnel est un peu moins lacunaire sans être continue. En raison de leur faible nombre, les dossiers liés aux élections, nominations, traitements et indemnités du consistoire, des rabbins et des commissaires surveillants sont rangés dans l'ordre chronologique plutôt que dans l'ordre alphabétique du personnel.

Petite Église :

Servant d'appui à l'opposition au nouveau régime, la Petite Église est considérée comme une secte pendant la période concordataire dont elle rejette le système. A l'origine, elle s'organise autour des évêques d'Ancien Régime ayant refusé de donner leur démission au pape en 1801. A partir de 1805, ces évêques se concentrent en Angleterre, où s'est réfugié le prétendant au trône de France, Louis XVIII. Quelques foyers de résistance subsistent en France tout au long de la période. En Côte-d'Or, c'est un chiffre très faible qui ne porte que sur une excroissance de la Petite Église aux alentours de Beaune, animée par un prêtre venu de Touraine.