L'histoire administrative est détaillée dans l'introduction de l'instrument de recherche des archives du fonds moderne du tribunal de commerce de Dole, 6U1. Institué dès la fin d'année 1810, son ressort est celui de l'arrondissement dolois avec neuf cantons : Chaumergy, Chaussin, Chemin, Dampierre, Dole, Gendrey, Montbarrey, Montmirey-le-Château et Rochefort-sur-Nenon.

Dès la fin du XIXe siècle les juges consulaires du tribunal sont élus par suffrage universel des commerçants de l'arrondissement. Le décret du 21 décembre 1961 organise une élection à deux degrés, d'abord l'élection de délégués consulaires par l'ensemble du corps électoral, puis celle des juges du tribunal de commerce par les délégués consulaires. Les juges peuvent être de célèbres industriels comme Cantenot             René, fils du fondateur de la Quincaillerie Cantenot en 1946 à Dole. Les juges débutent leur mandat au 1er janvier de l'année civile de leur élection, jusqu'au 31 décembre de l'année d'élection de leur successeur. Les juges élisent entre eux le président du tribunal de commerce et lui-même nomme son vice-président. Ils prêtent serment devant le tribunal civil de l'arrondissement mais aucun d'entre eux n'a de traitement, la fonction se veut honorifique.

Le président du tribunal de commerce se doit notamment de tenir l'organisation de l'ensemble du tribunal. À Dole il n'existe qu'une chambre, les juges traitent selon leur spécialité les affaires que le président leur a confié. Celui-ci représente le tribunal et sert d'intermédiaire avec en particulier la cour d'appel, et auparavant la justice de paix, mais également auprès d'autres professions du droit : avocats, huissiers, greffiers, mandataires et administrateurs& C'est le président lui-même qui est compétent pour rendre des référés, des requêtes ou des ordonnances en particulier dans les procédures de redressement judiciaire d'entreprises.

Le 1er juin 2005 le tribunal de commerce de Salins-les-Bains ferme et c'est celui de Dole qui reprend à sa charge l'arrondissement. En 2004, en vue de ce rattachement, des travaux de réaménagement de la salle dite des Cordeliers et d'extension sont prévus dans l'ancien couvent des Cordeliers, bâtiment historique du tribunal depuis 1811. Le bâtiment est d'ailleurs nommé palais de Justice puisqu'il regroupe le tribunal commercial, le tribunal civil et dès 2004 le conseil des prud'hommes, formant une « véritable cité judiciaire » pour quelques années seulement. Le tribunal reste 39 et 41 rue des arènes de sa création à sa fermeture, les archives y sont conservées dans les caves.

La réforme de la carte judiciaire amorcée par la ministre de la Justice Rachida Dati s'applique par le décret 2008-146 du 15 février 2008 et annonce la fermeture définitive du tribunal dolois au 1er janvier 2009. En signe de contestation, les juges consulaires sont démissionnaires au 16 janvier 2008. Le déménagement commence dès le 15 décembre 2008 vers le tribunal de commerce de Lons-le-Saunier qui reprend ses attributions, au 7 rue de l'ancien collège. Aujourd'hui, le tribunal de commerce départemental se situe au 295 rue Georges Trouillot dans l'ensemble judiciaire que constitue le site Anne Frank (tribunal d'instance, de commerce et conseil de prud'hommes).

Archives départementales du Jura