Le 4 octobre 1958, l'Union française (l'organisation politique de la France et de son empire colonial) est remplacée dans la constitution de la Cinquième République par la Communauté française, une institution de nature fédérale au sein de laquelle les États jouissent d'une certaine autonomie ; elle prend fin de facto en 1961 après l'indépendance des pays qui la constituent.

Après la disparition de la direction d'Afrique-Levant, les archives de la sous-direction d'Afrique ont été transférées à la direction des Affaires africaines et malgaches, qui les a versées dans les années 1970 à la direction des Archives.