Le répertoire méthodique s'organise en dossiers d'affaires relatives à la Seconde guerre mondiale, en dossiers d'affaires relatives à la guerre d'Algérie, et en dossiers d'affaires de police judiciaire. Il réunit sous une forme méthodique tous les versements reçus du SRPJ de Montpellier :

Le versement 796 W se compose principalement de documents relatifs à la guerre 1939-1945 mais également de quelques documents généraux sur les évènements liés à la guerre d'Algérie. La partie ayant trait à la Seconde Guerre Mondiale comprend en premier lieu quelques dossiers d'affaires économiques (marché noir, trafics, abattage clandestin) puis, de façon beaucoup plus importante, des documents concernant les affaires politiques. Ces derniers se divisent en plusieurs parties. On trouve d'abord des dossiers individuels et ensuite des dossiers d'affaires de la section des affaires politiques (SAP), service spécialisé du SRPJ. créé sous l'Occupation pour lutter contre les menées antinationales et notamment contre les communistes. Puis, sont conservés des documents de police judiciaire postérieurs à la Libération et notamment concernant l'épuration tels que des listes et registres de personnes arrêtées, emprisonnées, passées devant la commission de criblage et parfois devant la commission de vérification afin que leur cas soit examiné. Ces personnes étaient détenues soit à la prison militaire de la " 32 ème " soit à la caserne Grossetti, un ancien couvent des Ursulines reconverti en caserne puis en prison. De plus, sont conservés les dossiers individuels de ces personnes, classés en fonction de leur sort (libération, assignation à résidence, internement administratif, transfert, condamnation). On compte également quelques dossiers individuels de personnes emprisonnées à la caserne Grossetti ainsi que des dossiers relatifs à la Milice et aux miliciens. Enfin, on trouve des dossiers d'affaires judiciaires relativement importantes soit concernant le droit commun, soit liées à la guerre et à l'Occupation. La partie relative à la guerre d'Algérie se compose de synthèses quotidiennes de renseignements élaborés par le Service de coordination des informations nord-africaines (SCINA) entre avril 1958 et décembre 1963. Ce service, créé en 1955, avait pour mission la surveillance des activités des mouvements nationalistes maghrébins, et particulièrement algériens, en métropole. Les dossiers d'affaires de police judiciaire sont la suite des dossiers conservés sous les cotes 4 M 2238 à 4 M 2250 pour la période antérieure à 1940. La partie concernant le commissariat central de Montpellier a été dissociée et se trouve sous la cote 200 W.

Le versement 1043 W se compose de dossiers individuels de la période 1940-1946 numérotés de 3896 à 12099.

Sur l'ensemble de la période on rencontre différents types d'affaires. Certaines sont récurrentes (vol, escroquerie, violence, meurtre, assassinat) alors que d'autres sont plus ponctuelles. Ainsi, en 1941 et 1942 on trouve des listes d'évadés des camps d'internement, notamment du camp d'Argeles-sur-Mer (Pyrénées-Orientales) mais également de ceux de Gurs, Agde et Cascaret. A partir de 1942 apparaissent des affaires d'avortement et à partir de 1943, de nombreux trafics en tout genre. A partir de 1944, quasiment chaque dossier est lié à l'activité politique durant la guerre : résistance, collaboration, appartenance à la Milice ou à la Gestapo, dénonciation aux autorités allemandes. Dans un même dossier (donc sous un même numéro) on trouve plusieurs affaires différentes. Les dossiers se composent principalement de notices individuelles, notes de renseignement, rapports d'enquêtes, procès-verbaux de police, télégrammes, avis de recherche, tracts. Il est à noter la présence dans presque tous les dossiers de notices individuelles des années 1910 n'ayant aucun lien avec les affaires en cours. Ces dernières n'ont pas été comptabilisisées dans le calcul des dates extrêmes. Les liasses concernant la période 1926-1939 ont été intégrées dans la sous-série 4 M.

Le versement 1320 W contient des dossiers d'affaires de police judiciaire importantes concernant notamment les enquêtes sur les exécutions commises par les réseaux de Résistance en Ardèche et en Lozère. A souligner, plusieurs affaires d'empoisonnement dont celle du pain à Pont-Saint-Esprit.

Le versement 1764 W a été effectué en application de la circulaire du 9 avril 2001 du ministère de l'intérieur sur la collecte des archives de la période de la Guerre d'Algérie. Il se compose de dossiers d'affaires comprenant : correspondance, télégrammes, circulaires, commissions rogatoires, comptes-rendus de perquisition, procès-verbaux d'audition, rapports d'enquête, arrêtés préfectoraux, notices individuelles. Ces dossiers étaient conservés dans le coffre-fort du Service régional de police judiciaire (SRPJ). A cette occasion, des dossiers de la période de la Seconde Guerre mondiale et des dossiers relatifs à des affaires de différentes sortes, conservés également dans le coffre-fort, ont été intégrés au versement. Le cadre de classement respecte la séparation par période (Seconde Guerre mondiale et Guerre d'Algérie). A la fin ont été rassemblés les dossiers d'affaires diverses (affaires criminelles, enquêtes, contentieux administratif...). A l'intérieur de chaque rubrique, les dossiers sont classés par numéro. Une cote a été attribuée pour chaque dossier afin de permettre une indexation fine, par dossier. Les noms des personnes incriminées et de quelques victimes ont été relevés mais n'apparaissent pas dans le répertoire pour des raisons de confidentialité. Il existe un index par nom de personne dont la consultation est réservée au personnel des Archives départementales et du SRPJ.

Le versement 1774 W a été préparé dans le cadre du déménagement du SRPJ. Compte-tenu de l'urgence et de la masse des documents à traiter, il a été pris en vrac en suivant grossièrement la numérotation des dossiers, sans bordereau. Le tri, les éliminations et la rédaction du répertoire définitif ont été effectués par les Archives de l'Hérault. Le fichier central manuel qui permet les recherches par nom ou par thème n'a pas été versé. Avant ce versement, les dossiers des années 1962 à 1965 avaient déjà été triés par le SRPJ. De plus, les dossiers des n° 1 à 124999 ont été détruits, ceux des n°125000 à 146531 microfilmés puis détruits ou triés. Le versement a concerné les dossiers à partir du n° 144355.

Depuis mars 1991, la gestion des dossiers a été informatisée avec la mise en place du STIC. (système de traitement et d'information criminelle).Le versement contients des dossiers individuels des personnes recherchées, poursuivies ou condamnées et des dossiers d'affaires traités par le SRPJ. ou transmis pour information, entre 1961 et 1972 (sauf pour les articles 362 à 374 qui concernent des dossiers plus anciens ou plus récents 1948-1984).

Les dossiers individuels comprennent des notices individuelles, des dossiers d'enquête si les faits se sont produits dans les départements du ressort du SRPJ, des avis de condamnation, des photographies et éventuellement des coupures de presse. Un dossier est ouvert par personne concernée, même pour une affaire concernant plusieurs individus. les dossiers individuels sont classés dans l'ordre des numéros de dossier, attribués en continu dans l'ordre chronologique, sauf pour les articles 362 à 374 où des numéros ont été réattribués sans tenir compte de l'ordre chronologique. Les dossiers d'affaires contiennent toutes les pièces liées à une enquête judiciaire : commissions rogatoires, procès-verbaux, interrogatoires, rapports, documentation photographique, coupures de presse. Un dossier est ouvert par affaire, quel que soit le nombre de personnes mises en cause. La numérotation particulière (effectuée à partir de 1967) comporte 3 éléments : un code désignant le type d'infraction (la liste de ces codes est jointe en annexe du répertoire), l'année où les faits se sont produits, une numérotation continue pour l'année concernée. Ces dossiers sont classés par année dans l'ordre des numéros continus sans tenir compte des codes. Le fichier central qui permet de trouver les dossiers par nom ou par thème est resté au SRPJ.