La reconnaissance officielle de l’église protestante en Algérie date de l’ordonnance royale du 31 octobre 1839, qui prévoit la coexistence des deux confessions réformée et luthérienne dans le même Consistoire central à Alger (un consistoire officieux existait à Alger depuis 1836). La population protestante d’alors était en effet trop peu nombreuse pour que l’application du Concordat fût possible. L’ordonnance de 1839 prévoyait également l’établissement d’oratoires desservis par des pasteurs auxiliaires. Deux oratoires furent créés en 1842 : Oran pour le culte réformé, Dely- Ibrahim pour le culte de la Confession d’Augsbourg. Par la suite, d’autres oratoires furent successivement créés : pour le culte réformé, Philippeville en 1844, Constantine et Aïn Arnat (colonie suisse) en 1853, Mostaganem en 1856 ; pour le culte luthérien : Blida en 1849, Bône en 1850, Guelma en 1857.Le décret impérial du 14 septembre 1859 maintint l’union administrative entre les deux confessions et institua des paroisses et des conseils presbytéraux. La paroisse réformée d’Alger devint «  protestante » ou « protestante unie » jusqu’en 1908 où le problème de la dévolution des biens rendue nécessaire par l’application en Algérie de la loi de séparation des Églises et de l’État entraîna la création d’une deuxième paroisse dite « autonome ». Les paroisses de Tlemcen (culte réformé) et de Cherchell (culte luthérien), furent créées en 1862, Boufarik (culte luthérien ) en 1875, Mascara, Tizi Ouzou et Sétif (culte réformé) en 1876, 1878 et 1880.Le décret du 12 janvier 1867 augmenta le nombre des consistoires : le Consistoire central d’Algérie fut dissous pour être remplacé par les trois consistoires d’Alger, Constantine et Oran. Jusqu’en 1870, les postes de la Confession d’Augsbourg en Algérie avaient été occupés par des pasteurs luthériens originaires d’Alsace, à qui leur connaissance de l’allemand permettait de célébrer le culte dans les deux langues ; par la suite, les postes luthériens furent attribués, en l’absence de candidats de cette confession, à des pasteurs réformés, « à titre luthérien », sous certaines conditions. Ce fut le cas pour Guelma en 1872, Cherchell en 1874, Boufarik en 1876, et Douera en 1890. La seule paroisse luthérienne subsistant en Algérie après la guerre 1939-1945 fut celle de Douera ; au cours de cette période, quatre paroisses luthériennes avaient demandé leur rattachement à l’Église réformée de France. Le premier synode officieux réformé (21e circonscription) se tint à Alger du 10 au 14 novembre 1880, puis chaque année à Alger, Oran ou Constantine. Depuis l’établissement du protectorat français en Tunisie en 1881, il comprenait des délégués des églises de Tunis et de Sfax. Les églises luthériennes étaient rattachées au synode particulier de Paris et au synode général.Après 1962, la situation de l'Église réformée en Algérie fut la suivante : la dénomination exacte était Union des associations cultuelles de l'Eglise réformée en Algérie, association créée le 5 juin 1963 (J.O. du 9 août 1963). Les départs des paroissiens ont entrainé des regroupements d'associations cultuelles. En 1970, les lieux de culte subsistant étaient Oran, Mostaganem, Alger ( au nombre de 2), Bejaïa, Skikda, Annaba, Ouargla. Des communautés se réunissaient à Constantine, Chetaïbi, Tiaret, Affreville, Médéa, Batna. La plupart des bâtiments avaient été remis soit au ministère des Habous, soit aux municipalités, certains d'entre eux laissés à disposition des associations cultuelles.