Le fonds décrit principalement les relations entre le musée et la direction des Musées nationaux au sein du ministère de l'Instruction publique puisque très peu de documents proviennent du musée lui-même. Certaines missions du musée sont donc bien représentées à travers l'importante correspondance entre la tutelle et le musée. Ces échanges portent principalement sur les dépenses de fonctionnement, les travaux, l'acquisition des collections et leur circulation.

Le musée conserve les archives relatives à son fonctionnement dès son changement de statut et à la documentation des collections comme les dossiers d'œuvres.