Le conseil d'administration est l'organe fixant les orientations politiques de l'agence. Son existence et son organisation sont encadrées par l'article L1413-9 du Code de la Santé publique. Le conseil d'administration est composé de divers acteurs du monde de la santé.

À sa création, il incluait ainsi des représentants de l'État : le directeur général de la santé, le directeur de l'administration générale du ministère de la Santé, le directeur de la Sécurité sociale, le directeur général de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes, le directeur général des stratégies industrielles, le directeur général de la recherche et le directeur du budget.

À ces représentants, s'ajoutaient cinq personnalités nommées sur proposition du ministère de la Santé en raison de leur compétence dans le domaine du médicament : un médecin, un pharmacien d'officine, un représentant de l'industrie pharmaceutique, un représentant des organismes de sécurité sociale.

Le conseil était enfin complété par deux représentants élus du personnel de l'agence.

Suite aux différentes réformes ayant structurées l'agence, le conseil d'administration s'est enrichi d'associations d'usagers du système de santé, d'associations défendant les consommateurs et les familles, d'associations engagées dans la protection de l'environnement et dans la défense des victimes de maladies professionnelles, de deux députés et de deux sénateurs, ainsi que d'élus de collectivités territoriales.

Le conseil d'administration se prononce notamment sur les règles de déontologies à appliquer, sur la vie et l'organisation de l'agence (immobilier, structuration des directions, règle d'attribution des primes, etc.), sur son budget, sur l'attribution de subventions, sur les conventions et les marchés ou encore sur la stratégie européenne de l'agence.

Ce fonds est sériel. Chaque séance étant composée d'un ordre du jour, des convocations des membres, d'une feuille d'émargement, du procès-verbal, des délibérations adoptées et des dossiers sur table. Il arrive que certains de ces documents manquent sur certaines séances. Le cas échéant, cette absence est précisée dans le corps de l'instrument, à l'exception des convocations. Le procès-verbal d'une séance est généralement validé à la séance suivante. Il a néanmoins été classé dans l'article correspondant à la séance dont il fait l'objet. Des retranscriptions écrites des séances sont parfois présentes.

Afnor : Agence française de normalisation

Afssaps : Agence française de sécurité sanitaire et des produits de santé.

AMM : Autorisation de Mise sur le Marché.

CA : Conseil d'administration.

CEIP : Centre d'Évaluation et d'Information sur la Pharmacodépendance.

CRAT : Centre de Renseignement sur les Agents Tératogènes.

CS : Conseil scientifique.

CRP/CRPV : Centre Régionaux de Pharmacovigilance.

EMEA : Agence européenne pour l'évaluation des médicaments

Inserm : Institut national de la Santé et de la recherche médicale

OMS : Organisation Mondiale de la Santé.

UGAP : Union des groupements d'achats publics