Peu de temps après avoir accédé à la présidence de la République, Nicolas Sarkozy a voulu mettre en place une politique concertée et une approche globale des migrations, thème fort de sa campagne électorale.

Dès le 26 mai 2005, par le décret n° 2005-544 du Premier ministre, un Comité interministériel de contrôle de l'immigration (CICI) a été créé et rattaché, dans un premier temps, au ministère de l'Intérieur.

Ce comité, présidé par le Premier ministre ou par le ministre en charge de l'immigration (depuis le décret modificatoire 2007-1432 du 5 octobre 2007), rassemble neuf ministres autour du Premier ministre : Immigration, Intérieur, Affaires sociales, Défense, Justice, Affaires étrangères, éducation nationale, économie et finances, Outre-mer. Il doit fixer l'orientation politique gouvernementale en matière de contrôle des flux migratoires, et est chargé en particulier d'adopter chaque année un rapport au Parlement sur les orientations pluriannuelles de la politique gouvernementale en matière d'immigration, en application de l'article 1er de la loi du 26 novembre 2003 relative à la maîtrise de l'immigration, au séjour des étrangers et à la nationalité, codifié dans l'article L 111-10 du Code de l'entrée et du séjour des étrangers et du droit d'asile.

Le 9 juin 2005, par décret, Patrick Stefanini, conseiller d'état depuis 1998, est nommé secrétaire général du Comité interministériel de contrôle de l'immigration. Il prépare les travaux et les délibérations du comité - où il siège, ainsi que le rapport au Parlement. Surtout, il veille à la mise en œuvre des orientations définies par le comité et à leur cohérence avec la politique d'intégration. Enfin, il préside le comité des directeurs du CICI qui se réunit plus régulièrement que la formation plénière et rassemble : le directeur des libertés publiques et des affaires juridiques (Intérieur), le directeur central de la police aux frontières (Intérieur), le directeur central de la sécurité publique (Intérieur), le directeur général de la gendarmerie nationale (Défense), le directeur de la population et des migrations (Affaires sociales), le directeur général de l'action sociale (Affaires sociales), le directeur des Français à l'étranger et des étrangers en France (Affaires étrangères), le directeur général des douanes et droits indirects (Budget), le directeur du budget (Budget), le directeur général de l'enseignement supérieur (éducation nationale), le directeur des affaires politiques, administratives et financières (Outre-mer), le directeur des affaires civiles et du sceau (Justice), le directeur des affaires criminelles et des grâces (Justice), le secrétaire général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne, le directeur général de l'Institut national de la statistique et des études économiques INSEE, le directeur général de l'Agence nationale de l'accueil des étrangers et des migrants ANAEM, le directeur général de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides OFPRA, ou leurs représentants.

Outre ses responsabilités au sein du CICI, Patrick Stefanini devient secrétaire du ministère de l'immigration par décret du 4 janvier 2008. En réalité, depuis le 22 mai 2007, il était chargé par lettre de mission du ministre de l'Immigration Brice Hortefeux de préparer l'organisation de l'administration centrale du nouveau ministère, organisation confirmée par le décret 2007-1891 du 26 décembre 2007 prenant effet au 1er janvier 2008.

Le ministère de l'Immigration, de l'intégration, de l'identité nationale et du co-développement, dédié à la question des flux migratoires et réunissant l'ensemble des administrations concernées, auparavant éclatées entre le ministère de l'Intérieur, le ministère des Affaires étrangères et le ministère des Affaires sociales, avait vu le jour le 31 mai 2007 (décret 2007-999 relatif aux attributions du ministre). Le 9 juillet, Nicolas Sarkozy avait chargé Brice Hortefeux de « conforter et approfondir la politique d'immigration choisie, telle qu'elle a commencé de se mettre en œuvre depuis 2002, et convaincre nos partenaires de s'engager dans la définition d'une politique de gestion des flux migratoires à l'échelon européen et international ». Le nouveau ministère a donc un champ de compétences plus large que le CICI (qui continue d'exister) et englobe la naturalisation, le droit d'asile et la protection subsidiaire, l'accueil et l'intégration des populations concernées, le co-développement, les relations avec les pays sources des flux migratoires.

Comme secrétaire général du ministère, P. Stefanini propose au ministre la répartition des moyens entre les services, prépare et exécute le budget et assure l'évaluation des politiques. De plus, il est chargé de la politique de modernisation du ministère, il élabore et propose les principes de gestion des ressources humaines et s'assure de leur application.

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