Les documents étaient classés aux Archives des musées nationaux soit par séries et sous-séries dites « anciennes cotes » établies par Gaëtan de Maussion vers 1858 ou par séries et sous-séries dites « nouvelles cotes » instaurées en 1970. L'organisation par séries et sous-séries a été maintenue ainsi que leurs intitulés. Pour des raisons d'organisation et de cohérence, certains des articles ont été déplacés au sein du fonds, changeant l'ordre initial.