L'amirauté de La Ciotat est créée par l'édit de mars 1649 aux dépens de l'amirauté de Toulon dont elle était jusque-là un bureau, ce qui explique que les documents conservés remontent un siècle avant cette date. Si l'édit a été enregistré à la Cour des Comptes (Magna Regestra registre B 111 F°229 v°), il ne l'a jamais été au parlement de Provence en raison de son opposition aux initiatives gouvernementales (Fronde). L'amirauté a à la fois des attributions administratives (rapports des capitaines de navires, déclarations de chargements et déchargements, procès-verbaux de visites des navires, autorisations de départ, contrats d'assurances maritimes) et judiciaires (audiences, sentences). Elle est supprimée en 1791, sa compétence étant transmise au tribunal de district.