L'agence financière de bassin Adour-Garonne est créée par la loi sur l'eau du 16 décembre 1964 tout comme le comité de bassin qui lui est associé. Il s'agit d'un établissement public de l'Etat placé sous la tutelle du ministère en charge de l'environnement et celui en charge des finances. Elle ouvre véritablement ses portes en 1968.Sa principale mission est de garantir la qualité et la quantité de l'eau dans un contexte de développement de la pollution des eaux et de changement climatique. Son périmètre d'action est le bassin hydrographique Adour-Garonne, dont les frontières sont définies par l'arrêté du 14 septembre 1966. Ce territoire, mal connu à l'ouverture de l'établissement, comprend une partie du littoral atlantique et la totalité des Pyrénées française. Son principal cours d'eau est la Garonne dont l'aménagement est une des préoccupations majeures de l'institution.La préparation des objectifs de qualité des cours d’eau est l’une des attributions des Missions déléguées de bassin.Entre 1975 et 1979, la mission déléguée de bassin Adour-Garonne est chargée de la préparation des objectifs de qualité des eaux superficielles. Pour ce faire, elle élabore un dossier cartographique de synthèse par sous-bassin, qu’elle soumet aux différents services locaux de l’État afin de recueillir leurs propositions.