Sous l'Ancien Régime la paroisse de Flogny dépendait du diocèse de Langres et de la province d'Île-de-France. Elle était siège d’une prévôté seigneuriale ressortissant au bailliage de Troyes. En 1790, érigée en commune, Flogny est rattachée au district de Saint-Florentin et devient chef-lieu de canton. En 1801, elle est rattachée à l’arrondissement de Tonnerre. Depuis 1926, la commune dépend de l'arrondissement d’Avallon. En 1971, la commune fusionne avec celle de La Chapelle-Vieille-Forêt et prend ainsi le nom de Flogny-la-Chapelle.