Artisan principal de l'installation du régime consulaire puis impérial dans le département de la Vendée, Jean-François Merlet en fut préfet de 1800 à 1809. Mettant fin à une période de guerre civile encore larvée, il inaugure un XIXe siècle assez profondément pacifié pour mettre désormais en échec toutes les provocations politiques cherchant à ranimer la guerre civile à la façon de 1793 et 1794.

Merlet installe avec succès la nouvelle Église concordataire, puis transfère la préfecture de Fontenay à La Roche-sur-Yon en 1804. Il y reçoit Napoléon en août 1808 et rejoint Strasbourg l'année suivante, où il préside désormais une commission chargée de la navigation du Rhin, de Bâle à l'embouchure. Déçu par cette nouvelle charge, il en démissionne en 1812 et il attend vainement un meilleur poste que Napoléon n'a pas le loisir de lui offrir, pas plus que Louis XVIII, qui le reçoit pourtant en audience, sur l'instance de certains de ses anciens administrés de Vendée.

Jean-François Merlet est un libéral, attaché de tout temps à l'établissement d'un régime constitutionnel. En 1815, cela fait 25 ans que la France en cherche un à tâtons, mais l'arrivée au pouvoir des ultras paraît en menacer l'avenir, et elle compromet aussi définitivement celui de Merlet. Né en 1761, avocat au bailliage de Saumur depuis 1784, Merlet s'est d'abord jeté avec fougue dans la Révolution. Très engagé dans la préparation des États généraux, puis dans l'administration de sa ville où il va créer une société des Amis de la constitution, affiliée au club des Jacobins, il est ensuite procureur syndic du district de Saumur en 1790 et député de Maine-et-Loire en septembre 1791. Élu président de l'Assemblée législative le 7 août 1792, vraisemblablement en raison de son attachement à la constitution, face aux pressions révolutionnaires croissantes, il assiste impuissant à l'écroulement du premier régime constitutionnel de la France. Il s'engage peu après, en mars 1793, contre le soulèvement de la Vendée, qui lui paraît alors un retour en arrière, politiquement plus grave que la fuite en avant soutenue par les débuts de la Terreur.

La réserve qu'il manifeste par la suite, jusqu'à l'arrivée au pouvoir de Bonaparte, témoigne d'une crise de conscience. Forcé en effet en 1793, de prendre parti, à une heure où toute nuance était impossible, il ne pardonnera pas aux Jacobins, " exaltés " et autres " extravagants ", de l'avoir enrôlé à son insu avec ceux qui allaient perpétrer un crime massif sur la Vendée. Six ans et demi plus tard, le Consulat de Bonaparte signifiait pour la première fois la possibilité d'une rupture avec eux. Il reprend donc avec bonheur du service, et n'a pas de mal à faire reconnaître ses qualités. Il fait preuve en Vendée d'une grande vigilance vis-à-vis des révolutionnaires nostalgiques d'une époque de sang. Persuadé de la volonté de paix de la population, il s'emploie à la conforter. Il n'a de cesse d'en témoigner auprès de ses nombreux correspondants et du gouvernement, car la crainte d'un ressentiment vendéen, toujours susceptible de s'enflammer en soulèvement, est commune à toute la France.

Sans ménagement pour les fauteurs de troubles, qu'il s'agisse des révolutionnaires aux accusations exagérées, ou des derniers trublions royalistes, ou encore des prêtres refusant le concordat, Merlet sait néanmoins accompagner cette détermination bonapartiste de beaucoup de sollicitude en faveur des victimes de la guerre, des émigrés rentrés, des ecclésiastiques de retour. Il sait faire accepter le régime impérial au point que la conscription y réussit mieux que dans de nombreux autres départements. Cette installation dans la paix est tellement son oeuvre personnelle qu'en 1814, à la chute de Napoléon, les royalistes notoires, brutalement sortis de l'ombre où on les avait relégués, réclamèrent au représentant du roi Louis XVIII venu découvrir les provinces, le retour de Merlet comme préfet de la Vendée.