Le décret du 11 janvier 1901 créa un deuxième emploi de secrétaire général dans chaque préfecture d’Algérie, le secrétaire général existant recevant le titre de secrétaire général pour l’administration, le titulaire de l’emploi créé recevant celui de secrétaire général pour les affaires indigènes et la police générale. Ce nouveau secrétaire général de préfecture, choisi « de préférence en raison de sa connaissance approfondie des mœurs et de la langue arabes » (voir le rapport préalable du président du conseil, ministre de l’Intérieur et des Cultes, Waldeck-Rousseau, au président de la République, proposant le décret signé le 11 janvier 1901 in Bulletin officiel du Gouvernement général de l’Algérie, p. 100- 102.) devait s’occuper « exclusivement de la police générale des affaires indigènes » et remplaçait ainsi, « avec une autorité mieux définie et une autorité plus grande », les administrateurs inspecteurs créés auprès des préfets par arrêté du 30 mai 1900. Le décret du 9 novembre 1945 maintint les deux secrétaires généraux mais fit disparaître la dénomination de secrétariat général pour les affaires musulmanes, les affaires étant réparties entre les différents services. Suivant la circulaire préfectorale du 28 novembre 1945 étaient subordonnés au secrétaire général pour l’administration, Paul Lavaysse, la première division (Administration générale et communale- Affaires militaires), la 4e division (Assistance- Santé publique- Instruction publique- Jeunesse et famille), la 5e division (Affaires financières), le service du personnel, celui de la propriété foncière, le service intérieur et du matériel et des bâtiments départementaux ; lui étaient rattachés, le secrétariat du conseil général, le service de l’impression des rapports du préfet, le service des archives. Etaient subordonnés au secrétaire général pour la police et les affaires économiques, André Rogues, le service de la police générale, la direction du ravitaillement général et des services économiques, le service du ravitaillement des populations rurales, la 2e division (Affaires économiques et sociales) et la 3e division (Travaux publics. Transports. Domaines) La circulaire du 28 novembre 1945 énumérait également les attributions du cabinet du préfet, avec par exemple le Secrétariat permanent de la Défense nationale, le service du courrier, les affaires politiques, etc.., ainsi que les services qui lui étaient rattachés : police des renseignements généraux, Service d’information et de documentation musulmanes, Direction départementale de l'artisanat et de l’enseignement professionnel. En 1953 le service des sociétés agricoles de prévoyance (SAP) et du paysannat, qui relevait du secrétaire général pour l’administration, fut placé sous l’autorité du secrétaire général pour la police générale et les affaires économiques et rattaché administrativement à la 2e division (agriculture). Les responsabilités des secrétaires généraux augmentèrent en vertu de l’article 4 du décret n° 50-722 du 24 juin 1950 : « indépendamment des attributions qui leur sont conférées par les lois et règlements, les Secrétaires généraux de préfecture peuvent par délégation et sous la direction des préfets, être chargés d’une partie de l’administration départementale ». Les arrêtés préfectoraux du 21 août 1956 réorganisèrent la préfecture : au secrétaire général pour l’administration et les réformes,  Pierre Delahaut, étaient confiées les 1ère (Administration générale, tutelle communale et réformes territoriales), 2e (assistance et action sociale) et 3e divisions (Finances), de même que le service du personnel et le secrétariat de l’accession des Musulmans à la Fonction publique, la direction départementale de la Santé, le service des enfants assistés, l’Office départemental des anciens combattants et victimes de la guerre, le bureau du public ; au secrétaire général pour la police générale et le Plan,  Paul Teitgen, étaient dévolues les 4ème (Affaires économiques, main d’œuvre, Plan), 5ème (Travaux publics, domaines, transports, service du logement) et 6ème (Police générale) divisions, ainsi que la direction départementale du paysannat, la direction départementale de l’agriculture, la direction départementale de l’élevage. Il existait également une direction du cabinet qui comprenait outre les bureaux du cabinet, l’Etat-major mixte, la police des Renseignements généraux, le service de la protection civile, le service des liaisons nord-africaines, le service des transmissions de l’Intérieur. Le décret du 6 juillet 1959 (n° 59-815) supprima un des deux postes de secrétaire général des préfectures d'Alger, Oran et Constantine : « Article 1er.- Les préfets, inspecteurs généraux régionaux, visés à l’article 5 du décret susvisé n° 58-1233 du 16 décembre 1958 modifié disposent : d’un directeur de cabinet ; de chargés de mission ; d’un secrétaire général de préfecture qui dirige le service régional du Plan, le service régional du personnel et le Centre administratif et technique interdépartemental (CATI) [le CATI étant un service de gestion de la police]. Art. 2.- L’un des deux postes de secrétaires généraux des préfectures d’Alger, de Constantine et d’Oran est supprimé. » Les services de la préfecture furent réorganisés suivant l’arrêté du 1er juin 1960 (voir le Recueil des actes administratifs de la préfecture d’Alger, n° spécial n° 8) ; le secrétaire général qui « assiste le préfet pour tout ce qui concerne la coordination et le contrôle des directions, services, régies et établissements publics départementaux » (à l’exception des services des affaires algériennes, des Renseignements généraux, des Archives départementales, du service départemental de secours et de lutte contre l’incendie, de la direction départementale de la protection civile, du bureau départemental de la jeunesse relevant du directeur du cabinet), voit lui être directement rattachés le secrétariat particulier, le service départemental des personnels, le bureau du Plan et le bureau du public. Il exerce en outre, dans l'arrondissement chef-lieu, les attributions dévolues aux sous-préfets en matière d'animation, de coordination et de contrôle des travaux de Développement Economique Local (DEL). Lorsque le décret n° 61-223 du 4 mars 1961 (voir le JORF du 7 mars 1961, p. 2380 ; Délégation générale en Algérie, Recueil des actes administratifs, 28 mars 1961, p. 917.) eut supprimé les postes de préfet d’Alger (c'est pourquoi le préfet Vimeney quitta Alger le 23 mars 1961) et d’Oran et chargé les préfets inspecteurs généraux régionaux (PIGR) des fonctions de préfet du département chef-lieu, le PIGR disposa alors de deux secrétaires généraux, l’un pour la préfecture du département chef-lieu, l’autre pour la préfecture régionale.