La mission de la recherche et de l'innovation dans les transports élabore les orientations du ministère relatives aux programmes de recherche-développement en transports. Elle prend en compte les besoins des collectivités territoriales, des usagers et des entreprises de transport. Elle met en place l'articulation des programmes des organismes scientifiques et technique du ministère avec ces orientations. Elle participe à la mise en œuvre du programme de recherche dans les transports terrestres et appui au comité d'orientation du programme. Elle représente la France dans les programmes européens de recherche sur les transports.

La mission centralise les missions des différents services et missions ayant pour objectif le développement de la recherche dans le domaine des transports. Depuis la réorganisation de 2008, la mission devient la mission transports du service la recherche de la direction de la recherche et de l'innovation rattachée au commissariat général du développement durable.

La Direction de la recherche et des affaires scientifiques et technique exerce en matière de recherche et d'innovation les attributions du ministère de l'Équipement, du Logement et des Transports ainsi que dans le domaine intéressant conjointement les deux départements, du ministère de l'Environnement. Elle veille à l'évaluation de la recherche menée dans ces domaines par les services du ministère. En liaison avec la Direction du personnel et des services et les autres directions concernées, elle définit les orientations générales pour le réseau des organismes techniques relevant du ministère. Elle assure l'animation scientifique et technique de ce réseau et la liaison avec l'ensemble des organismes et services de recherche. Elle veille à la diffusion des produits de la recherche et de l'innovation technique dans les services déconcentrés.

L'ensemble de la direction de la recherche et des affaires scientifiques et techniques est institué par le décret n° 92.334 du 27 mars 1992 et l'arrêté du 9 février 1993 portant organisation de la direction de la recherche et des affaires scientifiques et techniques. Elle est le résultat de la fusion de l'ancienne mission des études et de la recherche du ministère, née dans les années 1970, et des missions thématiques de recherche au sein du ministère. En 2005, l'administration centrale du ministère est réorganisée, la direction devient la direction de la recherche et de l'animation scientifique et technique par l'arrêté du 17 mai 2005 d'organisation du secrétariat général en sous-directions et bureaux, ainsi, elle est la deuxième section du Secrétariat général. Trois ans plus tard, en 2008, une nouvelle réorganisation voit la création d'un Secrétariat général comprenant les directions du Secrétariat général de 2005 et la direction générale du personnel et de l'administration. Dans cette nouvelle organisation, la direction de la recherche et de l'animation scientifique et technique devient la direction de la recherche et de l'innovation au sein commissariat général du Développement durable.

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