L'examen des dossiers de reconnaissance de l'état de catastrophe naturelle est réalisé au sein de la Direction de la Défense et de la sécurité civile, par la cellule Catastrophes naturelles, rattachée au Cabinet du directeur de la Défense et de la sécurité civile. Les dossiers sont examinés et complétés par des documents obligatoires et sélectionnés par rapport au type de catastrophe concernée (voir la circulaire n° NOR/INT/E/92/00348 du 28 décembre 1992 relative à la constitution des dossiers concernant les demandes de reconnaissance de l'état de catastrophe naturelle). La cellule Catastrophe naturelles est chargée d'instruire et de regrouper les dossiers de demandes transmis par les préfectures, dans un délai d'un mois. Les dossiers complétés sont ensuite soumis à la commission interministérielle, composée de représentants des ministères de l'Intérieur et de l'Économie, des Finances et de l'Industrie ainsi que d'experts du ministère de l'Écologie et du Développement durable et de représentants de la Caisse centrale de réassurance.

La commission se réunit en général une fois par mois mais peut, en cas de besoin, se réunir en séance exceptionnelle, lorsque l'ampleur de la catastrophe le justifie. Elle est chargée de se prononcer sur le caractère d'intensité anormale de l'agent naturel qui ressort des rapports techniques joints aux dossiers. Les avis favorables donnent généralement lieu à la prise d'un arrêté interministériel portant constatation de l'état de catastrophe naturelle, qui détermine les zones et périodes où se sont produites les catastrophes, ainsi que la nature des dommages qui en résultent.

La cellule Catastrophe naturelle prépare et rédige les procès-verbaux des avis rendus et les arrêtés, et assure le suivi des contreseings interministériels et leur publication au Journal officiel. Elle informe les préfectures et les élus de l'avancement de chacune des étapes relatives aux avis, à la signature et à la publication des arrêtés.