Lorsque Jean-Pierre CHEVENEMENT met sur pied, à la fin de l'année 1999, la consultation des représentants des principales sensibilités du culte musulman en France, cela fait déjà près d'une dizaine d'années que les pouvoirs publics en France tentent de réguler l'expression du culte musulman sur le territoire, avec le Conseil de réflexion sur l'avenir de l'Islam en France (CORIF), créé par Pierre JOXE en 1990 et le Conseil des représentants des musulmans de France, mis sur pied par Charles PASQUA.

Le 29 octobre 1999, les relations entre l'Islam de France et la République s'officialisent à nouveau, lorsque Jean-Pierre CHEVENEMENT prend une initiative qui revêt la forme d'une consultation (en arabe ) officielle qui s'adresse aux représentants des principales organisations intervenant dans le champ proprement cultuel, organisations qui émanent des principaux courants présents dans l'Islam de France et dont la représentativité peut se mesurer au nombre de lieux de culte qu'elles fédèrent ou qui se réclament d'elles. L'initiative est double : achever et officialiser l'intégration du culte musulman au sein des dispositifs juridiques qui organisent les rapports entre les pouvoirs publics et les cultes, depuis la loi de séparation de l'Eglise et de l'Etat en 1905 ; favoriser l'émergence, à partir des organisations existantes, d'une instance centrale de concertation et si possible de décision, destinée à constituer le noyau d'une organisation représentative du culte musulman. istichâra

Six puis sept dirigeants de fédérations cultuelles musulmanes (la Grande Mosquée de Paris, l'Union des organisations islamiques de France (UOIF), la Fédération nationale des musulmans de France (FNMF), l'Invitation et mission pour la foi et la pratique, le Tabligh, le Daoua il Allah puis la Fédération française des associations islamiques d'Afrique, des Comores et des Antilles), cinq puis six grandes mosquées indépendantes (Grande Mosquée de Lyon, mosquée de Mantes-la-Jolie, Centre culturel islamique d'Evry, Grande Mosquée du sud de la France Marseille, Grande Mosquée de Saint-Denis de la Réunion) et six personnalités musulmanes de France (Saada Mamadou Ba, Soheib Bencheick, Cheikh Khaled Bentounes, Mohsen Ismail, Bétoule Fekkar-Lambiotte et Mohsen Ismaïl) sont ainsi appelés à se réunir.

La phase initiale de la consultation s'achève le vendredi 28 janvier 2000 par une réunion plénière, à l'issue de laquelle est adoptée une . Il s'agit de l'agrégation et la mise en forme à l'intention des musulmans des principales dispositions juridiques qui organisent en France les rapports entre les pouvoirs publics et les différents cultes. Les obligations d'observer les cadres juridique, républicain et laïc, sont également rappelées, tout comme le fait que le culte musulman soit compatible avec les principes qui régissent la place des cultes et la liberté de religion. Déclaration d'intention relative aux droits et obligations des fidèles du culte musulman

La Commission organisation du culte musulman en France (COMOR) est l'élément central de la consultation, qui a pour mission de concevoir l'organisation de la future instance représentative du culte musulman en France et d'en préparer les statuts. Une fois ces derniers adoptés, elle devra se transformer en Commission de suivi jusqu'à la mise en place de l'instance représentative du culte musulman et avant que les fidèles ne soient invités à se prononcer sur celle-ci. Dès son entrée en fonction, l'instance centrale représentative prévoit également la création de différentes commissions sectorielles qui ont à connaître des questions bloquées depuis longtemps ou ayant connu des réponses insatisfaisantes à cause de l'absence d'une autorité musulmane reconnue.

Le 20 avril, une seconde réunion plénière de la consultation permet de vérifier la bonne marche du processus initié en 1999 : y sont présentés les rapports d'étape des trois groupes de travail mixtes institués lors de la réunion du 28 janvier. Associant les experts musulmans des représentants, les diverses administrations concernées et l'Association des maires de France, ces groupes de travail concernent l'édification des lieux de culte, les structures associatives cultuelles et le statut des ministres du culte. Deux nouveaux groupes de travail sont également constitués, qui concernent la création d'aumôneries dans les établissements hospitaliers, pénitentiaires et d'enseignement et l'organisation de l'abattage rituel lors de la fête de l'Aïd el Kebir.

La troisième phase qu'ouvre l' , le 3 juillet 2001 va voir évoluer les modalités de fonctionnement de la Consultation. En effet, tout en conservant son organisation autour de la Commission organisation, le processus connaît une décentralisation au niveau des régions. Un Comité régional électoral (CORELEC), composé de membres désignés par les fédérations et les grandes mosquées, est mis en place dans chacune des régions, qui a pour première tâche de dresser la liste des lieux de culte musulmans puis d'organiser les élections et d'en rendre compte à la COMOR. Pour sa part, l'administration nomme un correspondant régional de la consultation, qui joue auprès du Comité régional électoral le rôle de témoin de bonne foi et de facilitateur au sein du niveau central. Ces élections régionales, réunissant environ 4 000 représentants des lieux de cultes, doivent donc aboutir à l'élection d'à peu près 450 délégués régionaux formant 25 conseils régionaux, 150 d'entre eux devant participer à l'Assemblée générale constituante de l'instance nationale, à Paris, en compagnie des 42 membres de la COMOR. Les élections, originellement prévues en avril 2002, sont finalement reportées en juin pour cause d'élections présidentielles puis en avril 2003 après l'arrivée de Nicolas Sarkozy au ministère de l'Intérieur. Accord cadre sur l'organisation future du culte musulman en France

Ainsi, au terme de ce processus de consultation, un Conseil national (CNCM) et 25 Conseils régionaux (CRCM) constituent le Conseil français du culte musulman. Première instance chargée de " représenter les cinq millions de musulmans de France auprès des pouvoirs publics et des autres religions ", son rôle est de s'occuper des questions du culte musulman, liées aux observations religieuses et il pourra être amené à s'"exprimer sur des questions de société ".