Les archives relatives aux activités du FNDAE couvrent la période 1978-2005 et sont organisées autour de quatre axes : la politique d'orientation générale, la gestion financière, l'assainissement et le transfert de compétence aux agences de l'eau.

Les documents relatifs à la politique générale du FNDAE et à ses orientations financières de 1987 à 1994 sont constitués de rapports financiers, de comptes rendus de réunions et de notes de synthèse du Comité de direction (20180172/1). Les dossiers concernant les activités du Comité de pilotage sont composés de comptes rendus de réunion et des pièces fournies en séance (20180172/3).

Le FNDAE a pour principale mission d'attribuer une aide financière aux collectivités qui réalisent des travaux d'assainissement et d'alimentation en eau potable. Le Comité consultatif du fonds fixe les enveloppes départementales de crédits et, en vertu de la loi du 7 janvier 1983, les Conseils généraux répartissent les aides aux communes rurales et à leurs groupements constitués en maîtres d'ouvrages. Le FNDAE participe également au financement d'ouvrages d'importance exceptionnelle par leur coût (supérieur à 3 millions de francs) ou par leur durée. Il finance ainsi la création de barrages, de stations d'épuration et de canalisations de liaison. Les crédits d'hydraulique agricole, les subventions et le suivi des programmes conventionnés constituent la partie relative à la gestion financière du FNDAE (20180172/4-20180172/38) et couvrent la période 1980-1996.

Les dossiers concernant les crédits d'hydraulique agricole regroupent des notes méthodologiques, des tableaux récapitulatifs, de la correspondance et des comptes rendus de gestion (20180172/4-20180172/13). Les dossiers d'attributions de subventions (20180172/14-20180172/23) et le suivi des programmes conventionnés (20180172/24-20180172/38) sont constitués en majorité de correspondance, de procès-verbaux et comptes rendus de réunions et de conventions. D'autres documents nécessaires à l'instruction des programmes, tels que les bilans d'activité, les notes techniques, les plans et les études d'avant-projet, complètent ces dossiers.

Le FNDAE procède également tous les cinq ans à une enquête sur la consommation et le prix de l'eau auprès d'un échantillon de 500 collectivités (20180172/39-20180172/48) et réalise par ailleurs un inventaire quinquennal des équipements des communes rurales en matières d'adduction d'eau et d'assainissement (20180172/49-20180172/97).

Ces dossiers couvrent la période 1978-1996. Ils sont constitués des questionnaires complétés et retournés par les communes et de notes de synthèse.

La loi de finances rectificative n° 2004-1485 du 30 novembre 2004 transfère les missions du FNDAE aux agences de l'eau, alors que celles-ci étaient auparavant prises en charge par l'État. Cette réforme s'inscrit dans une démarche de clarification des missions et des financements menée par le gouvernement de l'époque en matière de politique de l'eau. Elle anticipe une disposition de l'article 41 du projet de loi sur l'eau et les milieux aquatiques adopté le 30 décembre 2006 qui prévoit par ailleurs la création d'un Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) dont l'une des missions est de « garantir une solidarité financière entre les bassins ».

Ces dossiers (20180172/98-2018072/108) se composent de listes de communes, de conventions État-département, de notes d'organisation, de lettres d'information et de correspondance. Ils couvrent la période 2001-2005.