L’Inspection générale de l'agriculture est chargée de plusieurs missions d'inspections, de contrôles, d'audits et d'enquêtes. Les inspecteurs et les inspecteurs généraux sont chargés de ces missions permanentes ou ponctuelles.

Dans le cadre du COPERCI, l'IGA est chargée de l'inspection des structures territoriales. Le premier cycle d'inspection s'est déroulé entre 2000 et 2004 et consistait en un contrôle régulier du fonctionnement des structures déconcentrées du ministère. Les contacts permanents entre les différents membres de l'inspection a permis d'assurer le suivi des missions d'inspection programmées ainsi que la diffusion des rapports. L'IGA a centralisé le suivi du déroulement des inspections et a assuré la diffusion et l'archivage des rapports.

Les prêts bonifiés à l'agriculture sont des prêts bancaires bénéficiant d'une aide de l'État. Constituant le dispositif le plus important d'aide publique à l'investissement des exploitations agricoles, ils sont accordés aux agriculteurs à des taux bas selon certaines conditions.

Par lettre du ministre de l'économie, des finances et du budget, le ministre de l'agriculture et de la pêche et le secrétaire d'État au budget ont demandé, le 3 mars 1999, une mission d'inspection auprès des établissements de crédit distribuant les prêts bonifiés à l'agriculture pour contrôler les modalités d'octroi et de facturation de ses prêts. La mission a enquêté auprès du Crédit Agricole, le Crédit Mutuel et la Banque Populaire ainsi qu'auprès du Centre national d'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA) qui est chargé alors de certifier les factures présentées par les organismes bancaires et d'en assurer le paiement.

La mission avait également pour but d'examiner la manière dont les directions départementales de l'agriculture et de la forêt ont joué leur rôle dans l'instruction et le contrôle des dossiers.

La réforme de la Politique agricole commune (PAC) de 1992 s'est axée autour de la politique de gestion des marchés et celle de revenus des agriculteurs ainsi que de la recherche d'une convergence entre agriculture, environnement et territoire.

Le ministre de l'économie, des finances et du budget, le ministre de l'agriculture et de la pêche ainsi que le porte parole du gouvernement ont demandé une mission d'audit sur la mise en œuvre de la réforme de la PAC afin d'évaluer les procédures et l'organisation administrative retenues lors de la première année d'application des nouvelles règles communautaires. L'évaluation s'est centrée sur l'analyse des schémas d'organisation et de traitement de l'information mis en place, l'évaluation des moyens à mettre en œuvre, si nécessaire, pour assurer en 1993 le paiement des aides directes dans les délais réglementaires impartis, dans le respect des exigences communautaires en matière de contrôle, et l'appréciation des outils informatiques mis en place à l'occasion de cette réforme.

La mission d'évaluation des conditions de fonctionnement du dispositif d'enseignement agricole public a été demandée à l'IGA par le ministre de l'agriculture et de la pêche le 16 octobre 1998 afin d'évaluer l'enseignement agricole en France.

L'enseignement agricole présente une spécificité forte due à ses missions qui associent formation initiale, formation continue, animation du milieu rural, expérimentation et développement, coopération internationale et une pédagogie orientée sur l'ouverture à la vie professionnelle et citoyenne. De fortes tensions sur le fonctionnement du dispositif lié à l'inadéquation du système d'allocation de moyens créent un déséquilibre constant entre les besoins et les ressources. Ce déséquilibre conduit à l'abandon des missions autres que le formation initiale et à une insuffisance de moyens pour le personnel administratif, technique, ouvrier, de service et de santé.

Cette évaluation de l'IGA a permis des préconisations pour le devenir des dispositifs d'enseignement agricole public.

L'enquête de l'IGA sur le délai de paiement des marchés et factures par l'administration centrale a été effectuée en prévision de l'entrée en vigueur le 1er mars 2002 de la nouvelle réglementation relative aux délais de paiement des marchés. Celle-ci rendait plus stricte les règles de paiement en imposant de plein droit le versement d'intérêts moratoires pour tous les marchés publics, y compris pour les marchés sans formalités préalables.

Cette enquête s'est appuyée sur l'analyse des circuits de traitement des factures pour constater les retards de paiement, les défauts de l'organisation administrative et les négligences dans le traitement des factures.