À partir du fonds de la Société des Sciences de Semur-en-Auxois, qui a coordonné les fouilles de 1904 à 2001, les collections Alésia se sont enrichies depuis 2001 par achat ou par don suivant quatre thématiques : objets archéologiques, iconographie du Gaulois et du mythe des origines, éditions des Commentaires de César et pèlerinage de sainte Reine. Une petite partie de la collection "papier" est présentée ici sous forme numérisée.