Le fonds a connu plusieurs traitements par le passé. Les égyptologues Dimitri Meeks, Jean Yoyotte et Jean-Luc Fissolo ont dressé plusieurs inventaires de ce fonds à des périodes différentes. Si Meeks et Yoyotte ont opérés un classement du fonds, modifiant par conséquent l’organisation initiale, Fissolo (à qui l’on doit l’inventaire le plus récent), a dressé un état détaillé des archives telles qu’elles sont conservées à son époque, sans en modifier le classement. La difficulté qui s’est présentée à nous, a donc été de comprendre la structure initiale du fonds à travers ces trois inventaires. Celui de Meeks est le plus ancien (1966). Son inventaire des archives constitue six ensembles selon la nature des documents (corpus des inscriptions, voyage au Hammamat, corpus photographique, correspondance, grammaire égyptienne, syntaxe de l’égyptien). L’inventaire de Yoyotte concernant les photographies suit une logique de répartition selon les formats de conservation (boîte en bois, carton, albums…).

Afin de ne pas compliquer davantage le classement du fonds, et de respecter dans la mesure du possible la logique initiale de constitution du fonds, nous avons jugé préférable de suivre autant que possible la structure déjà établie par Meeks.

Certains dossiers se rapportant à un projet de publication sur la syntaxe égyptienne contiennent, en plus des intitulés, des numéros d’ordres (Va et Vb pour les prolepses, D pour les ellipses, etc.). Si ces numéros sont affectés à des ensembles cohérents, ils ne permettent apparemment pas une restitution de l’organisation initiale du fonds. Afin d’éviter toute erreur, et de rester tout à fait neutre vis-à-vis de la logique du producteur, nous avons préféré regrouper les dossiers composant le projet de syntaxe de l’Egyptien par ordre alphabétique des grands thèmes (adjonction, ellipses, prolepses, etc.).

Toujours dans l’optique de préserver et de restituer la structure du classement déjà réalisée auparavant, nous avons organisé la collection photographique en trois ensembles. En prenant comme base l’inventaire réalisé par Dimitri Meeks en 1966, nous avons distingué les séries de photographies constituées avant l’intervention de Meeks sur le fonds, puis les photographies regroupées et organisées par Dimitri Meeks ou dans la foulée de ses travaux, et enfin les photographies sans organisation préalable classées en 2018.

En fin d'inventaire, sont également présents les documents relatifs à la gestion et à la diffusion des archives de Golenischeff depuis leur entrée au Centre Wladimir Golenischeff, qu’il a été décidé de maintenir, au moins provisoirement, avec le fonds.