En application du décret n°98-840 du 21 septembre 1998, la direction de l'architecture et la direction du patrimoine fusionnent pour constituer la direction de l'architecture et du patrimoine (DAPA). Un arrêté du même jour vient préciser les missions de la nouvelle direction et son organisation en deux services, sans compter une inspection générale et une mission de la communication.

Le service de la connaissance, de la conservation et de la création "a pour mission de définir, de conduire et d'assurer la cohérence, sur le plan national, des politiques de recensement, de recherche, d'étude, de protection, de conservation et de valorisation du patrimoine archéologique, architectural, urbain, paysager et mobilier, ainsi que la promotion de la qualité architecturale et urbaine."

Les arrêtés du 28 novembre 2001 modifient l'organisation de la direction de l'architecture et du patrimoine : le regroupement en services disparaît et les sous-directions et missions qui leur étaient rattachées sont directement placées au sein de la direction.