Le bureau des affaires générales est créé en 1996 au sein de la direction de l'architecture, lorsque celle-ci rejoint le ministère de la Culture qu'elle avait quitté en 1978 pour intégrer le nouveau ministère de l'Environnement et du Cadre de vie. Ses missions sont décrites dans l'arrêté du 6 mai 1996 : le bureau doit "assurer la gestion des moyens budgétaires, matériels et humains de la direction".

Suite à la fusion de la direction de l'architecture et de la direction du patrimoine en 1998, le bureau des affaires générales rejoint la nouvelle direction de l'architecture et du patrimoine. Il devient le bureau des affaires générales et financières au sein de la sous-direction des ressources humaines et des affaires générales, elle-même placée (jusqu'en 2001) dans le service des enseignements, des ressources, des publics et des réseaux.