Créé par le décret n° 2006-487 du 26 avril 2006, le Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux (CGAAER) est issu de la fusion de l'inspection générale de l'agriculture (IGA) avec le Conseil général vétérinaire (CGV) et le Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts (CGGREF).

Il est réorganisé par le décret n° 2010-141 du 10 février 2010 qui le renomme Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux.

Le CGAAER participe, sous l'autorité du ministre chargé de l'agriculture qui le préside, à la conception, la définition et l'évaluation des politiques publiques dont le ministère chargé de l'agriculture a la charge ou auxquelles il contribue. A ce titre, il assiste le ministre dans la conception d'ensemble des politiques et stratégies, lui fournit et interprète les éléments de prospective et de réflexion nécessaire. En outre, le CGAAER procède à l'audit, à l'inspection, à l'évaluation et au contrôle des politiques conduites par les services centraux et déconcentrés placés sous l'autorité du ministre ainsi que des établissements publics dont il a la tutelle ou qui bénéficient de ses financements. Par ailleurs, le CGAAER assiste le ministre dans la gestion des crises et l'évaluation de leur traitement. Il peut également réaliser, à la demande du ministre de l'agriculture ou à celles d'autres ministres dans le cadre de travaux interministériels, des missions de conseil, d'expertise, de médiation, d'appui et de coopération internationale (art. 1 du décret n° 2010-141 du 10 février 2010 relatif au Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux).

L'assemblée générale des membres du CGAAER approuve le projet stratégique, les programmes annuels de travail et les rapports d'activité du Conseil général avant qu'ils soient soumis au ministre pour validation. Outre une section chargée de l'audit, de l'inspection et du contrôle, le CGAAER comprend différentes sections thématiques, dont le nombre peut varier jusqu'à six, et un secrétariat général. L'activité du CGAAER est gérée par un bureau composé de son vice-président, son secrétaire général ainsi que les présidents des sections qui le composent.