Permettant la fusion des corps du génie rural, des eaux et forêts et d’une partie des services agricoles, le CGGREF est créé par le décret n° 65-426 du 4 juin 1965 en remplacement du Conseil supérieur du génie rural et de l’hydraulique agricole. Organisé par les décrets n° 66-451 du 28 juin 1966 et n° 74-143 du 15 février 1974, le CGGFREF est placé sous la présidence directe du ministre de l’Agriculture et de la Pêche qui délègue ses pouvoirs à un vice-président nommé par arrêté.

Il a pour rôle d’assister le ministre de l’Agriculture et de la Pêche dans l’élaboration et le suivi de sa politique : « Le Conseil général, en plus des questions sur lesquelles il doit être consulté en vertu de dispositions législatives ou réglementaires, donne son avis sur toutes les questions qui lui sont soumises […]. Il procède à toutes les enquêtes ou études et remplit toutes les missions dont il est chargé par le ministre tant en France qu’à l’étranger. Le conseil général participe à la préparation des tableaux d’avancement que l’administration doit soumettre à la commission administrative paritaire du corps. Le Conseil général peut proposer au ministre de faire procéder à toutes études entrant dans les attributions des ingénieurs du génie rural, des eaux et forêts, notamment en ce qui concerne l’organisation et le fonctionnement des services » (art. 2 du décret n° 66-451).

A partir de juin 1991, il est mis à disposition de quatre ministères supplémentaires : Equipement, Logement, Transports et Espace, Environnement, Artisanat, Commerce et Consommation, et Tourisme, mais il peut aussi répondre aux sollicitations d’autres ministères.

Le CGGREF est en relation permanente avec le Conseil général des mines et le Conseil général des ponts et chaussées.

Son domaine de compétence recouvre toutes les questions entrant dans les attributions des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts, de nature scientifique et technique d’une part, de nature administrative, économique et sociale, d’autre part et notamment celles qui tiennent au caractère interministériel dudit corps (art. 1 du décret n° 66-451).

Le CGGREF est remplacé par le Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux (CGAAER) par le décret n° 2006-487 du 26 avril 2006, qui compte à nouveau six sections, l'ancienne 4e section de la forêt, du bois et de la nature devenant la 6e.