En 1923, Madame veuve Jules Henner « …en mémoire de Monsieur Jean-Jacques Henner son oncle par alliance… et selon la volonté de Monsieur Jacques-Jules Henner son défunt mari… fait donation entre vifs et irrévocable… à l’Etat français… des biens, meubles et immeubles… dont l’ensemble devra former au usée National Jean-Jacques Henner ouvert au public… » (procès-verbal du 19 juin 1923).

Le procès-verbal de 1923 avait émis des conditions à la création du musée :

- le musée devait être consacré exclusivement aux œuvres de Jean-Jacques Henner. En 1934, Madame Jules Henner donne cependant au musée treize œuvres de la collection de Jean-Jacques Henner et Many Benner un Portrait de Jean-Jacques Henner par Jean Henner ;

- le musée devrait avoir son siège à perpétuité au 43, avenue de Villiers. Les œuvres ne pouvaient en aucun cas être vendues, aliénées ou déplacées hors du musée, sauf en cas de danger : les tableaux sont en effet évacués à Arny, puis au château de La Ferté par Reuilly (Indre) pendant la guerre de 1939-1945 ;

- enfin, tous les biens étaient exclusivement affectés à la fondation et au fonctionnement du musée.

Le musée devait être reconnu d’utilité publique pour que la donation soit effective et l’ouverture possible. En réponse à Madame Jules Henner, qui lui avait écrit (lettre du 28 août 1923), ainsi qu’au directeur des Beaux-Arts, Paul Léon, le ministre de l’Instruction publique et des Beaux-Arts, Léon Bérard, autorisa l’ouverture du musée avant qu’il ne soit reconnu d’utilité publique (lettre du ministre à Madame Jules Henner, 22 novembre 1923).

La donation fut acceptée provisoirement par le décret du 11 janvier 1924 et le musée inauguré par Léon Bérard, le vendredi 7 mars 1924.

La donation fut acceptée définitivement par le dépôt de projet de loi, paru au Journal Officiel du 22 août 1924, et la loi du 27 août 1926 qui conféra la personnalité civile et l’autonomie financière à l’établissement (Journal Officiel du 29 août 1926).

Le décret du 11 septembre 1928, paru au Journal Officiel du 21 septembre 1928, précise que le musée est administré sous l’autorité du ministre de l’Instruction publique des Beaux-Arts, par le conseil d’administration.

Rattaché aux musées nationaux par la loi du 27 octobre 1943 modifiant la liste des musées nationaux et le décret du 12 janvier 1948 (Journal Officiel des 12-13 janvier 1948), le musée fut rouvert, après la Seconde Guerre mondiale, en novembre 1946.

Le décret n°2005-538 du 23 mai 2005 relatif à l’Établissement public du musée national Jean-Jacques Henner redéfinit les statuts du musée : organisation administrative (modification de la composition du conseil d’administration notamment), dispositions générales sur la gestion des collections, régime financier.