L'hôtel Jacques Coeur est occupé par la cour d'appel et les tribunaux de première instance et de commerce de 1823 à 1919, d'abord conjointement avec l'administration municipale puis de manière exclusive à partir de son achat par l'Etat et le département en 1858.

L'installation des tribunaux est unanimement déplorée comme cause de dégradations importantes. Prosper Mérimée, inspecteur des monuments historiques, décrit longuement les dommages infligés au bâtiment qu'il a pu constater lors de son voyage à Bourges les 29 et 30 mai 1837 : la nouvelle destination de l'hôtel Jacques Coeur a entièrement modifié la disposition intérieure de l'édifice et « plus déplorable [encore], toute l'ornementation intérieure a disparu par suite de ces tristes changements ; adieu les lambris, les corniches, les sculptures qui couvraient les parois ; on n'a même pas épargné les vastes cheminées » (Notes d'un voyage en Auvergne, cité dans J. Favière, L'hôtel de Jacques Coeur à Bourges, p. 38-40). Le rapport accablant que Mérimée adresse au ministre Montalivet entraîne le classement de l'hôtel Jacques Coeur sur la première liste des monuments historiques en 1840.

Les travaux touchant à l'hôtel sont désormais du ressort de l'administration des Beaux-Arts mais cela ne semble pas être une mesure de protection suffisante. Après l'acquisition de l'hôtel Jacques Coeur par l'Etat et le département en 1858, d'importants travaux d'aménagement et d'agrandissement sont entrepris sous la direction d'Auguste Bailly, architecte rattaché à la commission des monuments historiques : il fait démolir l'hôtel de la Vienne en 1862 pour construire une annexe abritant le tribunal de commerce (occupée par l'inspection académique jusqu'en 2011) (4N67) et détruit également l'hôtel de Limoges. Entre 1868 et 1869, il est chargé de la restauration de la décoration intérieure de la chapelle et des galeries adjacentes, sans beaucoup de succès. (4N72) Son successeur, Paul Boeswillwald (1844-1931), lui aussi rattaché à la commission des monuments historiques et également architecte diocésain de Bourges depuis 1883, s'occupe quant à lui de la restauration des tours et de la façade ouest entre 1882 et 1890 mais là encore avec plusieurs erreurs, dont la plus connue est sans doute la destruction de la toiture jusque là emblématique du donjon. (4N73)

Après le déménagement des tribunaux dans l'ancien Grand séminaire, l'Etat achète l'intégralité du palais Jacques Coeur en 1923. Une restauration de grande ampleur, déjà en projet au début du siècle (4N74), est effectuée entre 1927 et 1937 sous la direction d'Henri Huignard et Robert Gauchery. Le palais ouvre au public en 1938.