Installé boulevard des Belges dans le 6e arrondissement de Lyon, le musée d'histoire naturelle rassemble l'ensemble des collections de la Ville de Lyon ainsi qu'une partie des collections d'Émile Guimet depuis le début du 20e siècle. Musée municipal depuis son origine, il devient musée départemental en 1991. Le 2 juillet 2007, il ferme ses portes tandis que ses collections sont transférées au musée des Confluences en 2014.