Les documents relatifs aux opérations de construction sont classés dans un ordre topographique, par département, artificiellement créé afin de faciliter les recherches du lecteur en introduisant une entrée géographique. Cependant, l'ordre des dossiers dans chaque sous-partie topographique respecte l'organisation de Maurice Novarina : par ordre chronologique. Certains dossiers ne semblent pas respecter l'ordre chronologique (la première date extrême est plus ancienne). Il n'en est rien, Maurice Novarina a dû utiliser des documents plus anciens pour concevoir son projet architectural et il les a laissés dans son dossier de suivi d'opération à titre de documentation. Les dossiers des premières opérations de Maurice Novarina (1928-1950) s'organisent en huit parties : correspondance clients, correspondance entrepreneurs - ingénieurs, marchés - situations - bons d'acompte, règlement de compte, minutes de devis - exemplaires de devis, adjudications, soumissions, documents, plans. Mais rares sont les dossiers complets ; pour la plupart seuls les plans sont présents avec parfois les soumissions et/ou les marchés - situations - bons d'acompte. Ainsi à l'inverse des dossiers des opérations postérieures, il n'y a qu'une cote par opération. Les affaires suivantes s'organisent systématiquement en fonction des phases d'une opération de construction : conception, exécution, réception et contentieux éventuellement.

Pour les opérations de construction importantes, comme les zones à urbaniser en priorité (ZUP), des dossiers sont souvent consacrés au suivi du projet ou aux relations avec les protagonistes. Selon les architectes chargés du suivi des opérations un dossier intitulé "pièces officielles" (composé d'arrêté municipal de permis de construire, de procès-verbal de réception des travaux...) est également constitué.

Au sein de l'agence, Maurice Novarina a instauré un système numérique de repérage des dossiers. Pour les affaires les plus anciennes (jusqu'aux années 1960), les dossiers de projet recevaient le numéro de la boîte dans laquelle ils étaient rangés. Ainsi plusieurs affaires peuvent porter le même numéro. Ce premier système de repérage se reconnaît à la présence d'un "A" après le numéro en lui-même (1A par exemple). À partir des années 1960, il a attribué un numéro d'affaire à chaque dossier de projet, ce numéro se retrouve sur la plupart des documents (pièces écrites et graphiques, maquettes). Les deux systèmes ont cohabité au début des années 1960. Au cours du classement ce numéro a été reporté pour chaque affaire. Il apparaît dans l'inventaire à la suite du nom du projet.