Le Présidial de Quimper a été institué en 1552. Cette création n'a cependant pas supprimé la sénéchaussée : ces deux institutions formaient deux juridictions, bien que ne formant qu'une seule compagnie, et leurs ressorts respectifs étaient très différents.

Le Présidial recevait les appels en dernier ressort pour les "deux cas de l'Édit" des habitants du diocèse de Léon, d'une partie des diocésains de Tréguier et de ceux de Cornouaille (dont la sénéchaussée de Gourin, dans l'actuel Morbihan, et à l'exception des justiciables de la Sénéchaussée de Quimperlé qui relevaient du Présidial de Vannes ainsi que de ceux des paroisses de La Feuillée, Botsorhel et Guerlesquin qui relevaient du Présidial de Rennes). Toutefois, les ressortissants d'un assez grand nombre de juridictions seigneuriales conservèrent le privilège de porter directement leurs appels au Parlement sans passer par l'étape du Présidial.

Aux XVIIe et XVIIIe siècles, le ressort de la Cour royale de Quimper était probablement le même qu'aux siècles antérieurs ; plus étendu que celui des autres juridictions royales du Présidial de Quimper (Carhaix excepté), il formait trois groupes territoriaux d'importance très inégale.