Le début des hostilités entraîne les premiers mouvements de population des régions envahies vers les départements de l'intérieur. L'encadrement des évacuations, les rapatriements, la subsistance des groupes de réfugiés et leur assistance sont pris en charge par l'autorité civile. En septembre 1914, l'Etat décide de l'ouverture d'un crédit rattaché au budget du ministère de l'Intérieur afin de faire face aux dépenses liées à ces opérations. Ce même ministère, par le biais de la direction du contrôle et de la comptabilité, organise un service des réfugiés ainsi qu'un centre de rapatriement installés à Annemasse. Le choix de la Haute-Savoie s'est ainsi imposé car il est le lieu d'arrivée des convois mis en place par les Allemands, transitant par la Suisse. A la fin de 1916, décision est prise de transférer les services à Evian, disposant de capacités d'hébergement supérieures. Le service des rapatriés est placé sous la direction du commissaire spécial d'Annemasse qui dispose de collaborateurs civils et militaires. Ses attributions consistent essentiellement en la reconstitution de l'état civil, l'assistance médicale et la répartition des réfugiés dans les départements. En matière de législation, la règlementation relative aux réfugiés s'appuie, de 1914 à 1917, sur des instructions ou circulaires produites au gré des circonstances. Ce n'est qu'à partir du 17 février 1918 que le ministre de l'Intérieur rassemble en un texte unique l'ensemble des instructions portant fixation du régime des réfugiés et des règles inhérentes à l'organisation des services.

Au niveau départemental, le préfet est chargé par le ministre de l'Intérieur (direction du contrôle et direction de l'assistance et de l'hygiène publiques), de l'ensemble des questions touchant l'administration des réfugiés, à commencer par l'accueil des convois, la répartition des réfugiés dans les communes et l'identification des personnes arrivées individuellement. Par arrêté du 27 novembre 1914, le préfet organise dans l'Ain un service de « contrôle sur place des réfugiés et évacués des places fortes », dont la gestion est assurée par M. Guilhermet, conseiller de préfecture, M. Berthet, sous-préfet de Belley, et M. Passaquay, exerçant les fonctions de sous-préfet dans l'arrondissement de Trévoux. Leur mission consiste à « rendre compte des conditions dans lesquelles les réfugiés et évacués ont été répartis dans chaque commune, de l'état des logements qui leur ont été assignés, des moyens de subsistance qui leur ont été procurés. Ils examinent, de concert avec la municipalité, les réclamations ou difficultés qui peuvent se produire et adressent au préfet des propositions sur les mesures qui leur paraissent devoir être prises ». Le 21 janvier 1915, M. Guilhermet est remplacé par M. Higounet, commissaire spécial de police de Bourg-en-Bresse, et M. Passaquay est remplacé par M. Surchamp, sous-préfet de Trévoux. Le 22 avril 1915, le service est renforcé par la nomination de M. Pascal, sous-préfet de Nantua, puis le 19 avril 1917 par M. Edouard, sous-préfet de Gex. A partir de mars 1918, le contrôle départemental est assuré par le secrétaire général de la préfecture. Aux côtés du service de contrôle, est créé un « service sédentaire », composé de deux employées auxiliaire et d'un chef de service (M. Sève, chef de division). Enfin, par décret du 2 juin 1919, est institué un régisseur-comptable dans chaque département.

En parallèle aux opérations de renseignement, l'activité préfectorale se traduit aussi par la gestion des allocations et des secours en faveur des réfugiés nécessiteux. Le régime des réfugiés du 17 février 1918 prévoit certains droits en matière d'assistance (allocation en argent ou en nature, fonds de secours extraordinaire en supplément des allocations), et de logement (logement gratuit pour les réfugiés arrivés par convois ; le préfet dispose d'un droit de réquisition par délégation de l'autorité militaire). En outre, les réfugiés peuvent bénéficier de dispositifs d'assistance spéciaux, tels que l'assistance médicale et pharmaceutique, l'assistance aux tuberculeux (voir aussi 2 R 189-190), l'aide aux femmes en couches ou aux femmes victimes de violences allemandes, l'assistance aux vieillards, familles nombreuses ou enfants séparés. Avec la reprise de la vie normale, l'organisation des retours est également assurée par les préfets, notamment avec la réquisition de transports.

Une tentative de suppression des allocations dites « de réfugiés » fut décidée pour le 1er juin 1920. Dans les faits, le statut des réfugiés a été prorogé jusqu'au printemps 1921. A partir de mai 1921, le ministère de l'Intérieur n'apporte son aide que pour certains secours ou cas exceptionnels. Les réfugiés sont alors assimilés aux autres citoyens bénéficiaires des diverses lois d'assistance gérées à l'échelon communal (assistance médicale gratuite, enfants assistés, assistance aux vieillards, infirmes et incurables, assistance aux femmes en couches, assistance aux familles nombreuses). Par instruction du 20 octobre 1922, le Gouvernement considère qu'il n'est plus dans les attributions du ministre de l'Intérieur d'assister les « épaves définitives des exodes de la guerre » et fixe la dissolution du service des réfugiés au 1er janvier 1923.