Le projet de création d'un nouveau musée départemental à partir des collections du musée d'histoire naturelle de Lyon est présenté à l'Assemblée du conseil Général en juillet 1999 tandis qu'un concours international d'architecture est lancé en 2001. Celui-ci est remporté par l'agence d'architecture Coop Himmelb(l)au. En 2003, un premier permis de construire est délivré mais les promoteurs découvrent des problèmes d'instabilité sur le site. Des travaux de renforcement sont nécessaires obligeant à retarder le démarrage du chantier. Plus tard, ce sont des désaccords entre l'entreprise de maîtrise d'œuvre, les architectes et la SERL, mandatée par le Département, qui nécessitent l'arrêt du projet pendant plusieurs années. Les travaux ne reprennent qu'en 2010 avec une nouvelle maîtrise d'œuvre. Le musée des Confluences est inauguré en décembre 2014.