C'est au début du XIXe siècle que l'organisation pharmaceutique se met en place au sein des hôpitaux de Paris (décret du 4 ventôse an X [23 février 1802]). La pharmacie centrale travaille avec un réseau de pharmacies installées dans les hôpitaux, dont le personnel scientifique est rattaché au personnel médical depuis la loi de 1987 et le décret d'application de mai 1988. Les pharmacies à usage interne (PUI) ont notamment pour mission l'exécution des prescriptions médicales, le contrôle des médicaments, la garde des produits toxiques et la comptabilité prévue par la réglementation relative aux substances vénéneuses, notamment le décret du 19 novembre 1948 qui, jusqu'en 1988, en encadre l'achat, la détention, la vente et l'emploi.

Les substances vénéneuses utilisées en médecine sont alors réparties en 3 tableaux :

- A : les toxiques ;

- B : les stupéfiants ;

- C : les substances vénéneuses à conserver à part.

Les entrées et sorties de substances, ainsi que les modalités de délivrance doivent être consignées dans un registre, à produire à toute réquisition de l'autorité administrative.