Les papiers relatifs au Commissariat suivent immédiatement ceux des comtés.

La division de la France en départements ayant mis fin à l'administration des États de la province, les Élus généraux, conformément à l'article X de la 3e section delà loi des22-28 décembre 1789, demandèrent l'envoi à Dijon de deux commissaires de chacun des départements formés de l'ancienne province, à l'effet de leur distribuer les papiers et de leur rendre leurs comptes. Mais les départements ayant cru devoir exiger davantage, les Élus qui ne voulaient avoir affaire qu'avec le commissariat, résistèrent énergiquement. Le débat s'envenima. Les Élus furent dénoncés à l'Assemblée nationale, l'n décret de cette assemblée, rendu le 10 juillet et sanctionné par le roi, supprima l'administration des Élus généraux avec obligation de rendre compte sans délai. Or, comme la production de ces comptes était matériellement impossible dans un temps aussi rapproché, les Élus, M. de Bourbon-Busset en tête, demandèrent un ajournement. Le département y répondit en traduisant les Élus devant le tribunal du district. Le ministre suspendit les poursuites ; enfin, après maints pourparlers entre le ministre des Finances, les députés de la Côte-d'Or et les Élus, il fut convenu que les Élus rendraient compte dans la mesure du possible : ce qui fut effectué.

Le commissariat eut alors à s'occuper de l'assiette des contributions pour 1790 de leur répartition par départements, de la vérification des caisses des comptables, de la liquidation des dettes de la province, de la distribution des papiers des archives, après quoi un décret de l'Assemblée nationale, rendu le 21 septembre 1791, mit fin à sa mission.