Comme les autres établissements religieux ayant perdu leurs archives pendant les guerres de Religion, les trinitaires de Montpellier prirent soin d'établir des mémoires de l'histoire de leur couvent (49 H 1). Pour la période ultérieure à 1562, les archives permettent de suivre l'histoire du couvent pendant;

L'acquisition de terrains et la reconstruction du couvent intra muros font l'objet de démarches et procédures importantes dès 1611 (49H 21-25). Des nominations, décrets et délibérations internes permettent de suivre l'évolution du personnel de l'ordre à partir de 1616 (49 H 4-5). Mais c'est surtout l'activité religieuse des frères qui fait l'objet d'archives importantes : grâce à la présence de reliques de Saint-Roch (49 H 3), des messes de fondations et des legs en vue de sépultures fournissent les revenus du couvent (49 H 7-16), tout comme le concession de chapelles à l'usage de diverses confréries de la cité (49 H 6). Mais ce sont surtout les droits et redevances relevant de dépendances foncières nombreuses qui font l'objet d'une administration précise (49 H 17-20 et 27-36). Enfin une comptabilité précise, tenue mensuellement de 1693 à 1790 permet de suivre le quotidien des frères, ainsi que leur insertion dans la vie économique locale, pendant le dernier siècle de l'Ancien Régime (49 H 33-35). Il y a très peu de données sur le rachat effectif de captifs (49 H 4) : à cette époque, la mission principale de l'ordre était prise en charge par la maison principale.