La juridiction consulaire d'Auxerre instaurée, comme celle de Sens, par lettres patentes de mars 1564 se compose dès sa fondation d'un juge et de deux consuls, élus annuellement, le 1er septembre, parmi la communauté des marchands de la ville. Ils sont assistés d'un syndic des marchands, chargé des relations avec l'extérieur, de l'organisation générale et de l'économat, de quatre postulants, chargés des plaidoiries, et d'un greffier. Nul ne pouvait être élu juge, sans avoir précédemment occupé les fonctions de syndic, puis celles de consul. Le ressort de la juridiction d'Auxerre est assez étendu. Il s’étend sur celui du bailliage d'Auxerre, mais également sur celui des territoires de Joigny, de Tonnerre et d'Avallon, couvrant ainsi la partie sud de l'actuel département de l'Yonne et une partie du nord-ouest de celui de la Nièvre.  Juridiction relativement récente et non composée de magistrats de formation, ses membres étaient particulièrement attentifs au respect de la préséance de leur corps sur ceux d'officiers du bailliage, du présidial ou de la chambre des notaires, donnant ainsi lieu à de nombreuses revendications de prérogatives, dont le fonds d'archives conserve les pièces. Dès 1565, la cour siège dans un hôtel situé à l'angle de la rue des Consuls et de celle de l'Égalité. Deux salles sont réservées aux grandes audiences qui se tiennent les lundis et les jeudis. La première, assez vaste, est dévolue aux audiences habituelles au long de l'année et la seconde, plus petite, est réservée pour la tenue des séances par temps froid. Le reste du bâtiment était loué à des marchands pour y installer boutique.  La loi du 16-24 août 1790, relative à la nouvelle organisation judiciaire du pays, prononce la suppression des juridictions consulaires qui sont transformées en tribunaux de commerce. La juridiction auxerroise se réunit une ultime fois le 24 février 1791 afin que les marchands élisent les cinq juges qui siégeront dans la nouvelle juridiction.