Les registres concernent les audiences et audiences extraordinaires, les lettres de marque, déclarations de bonne prise, délibérations, ordonnances sur requête, produits et retirés des sacs, les charges de messager, la distribution des procès civils et criminels, les registres de majesté, les rôles d'équipage et des maîtres, matelots, pêcheurs, mariniers, les rôles des prisonniers de guerre, les dépôts des inventaires des effets et hardes des gens morts en mer, les déclarations d'armateurs, les soumissions, etc. Ils portent aussi sur les réceptions de capitaines, pilotes hauturiers, pilotes côtiers, maîtres de barques, chirurgiens, compteurs de poisson.

L'état du fonds ne permet pas de reconstituer le fonctionnement de l'institution.

Le fonds de l'amirauté de Brouage (transférée à Marennes) témoigne à la fois de l'importance du cabotage et de l'activité internationale des ports saintongeais. Des pays nordiques à la Méditerranée, de l'Afrique au Nouveau-Monde, les documents portent la trace de ce riche trafic, dont celui de la pêche à Terre-Neuve et en Acadie et des activités commerciales avec Québec.