Sous l'Ancien Régime la paroisse de Pacy dépendait du diocèse de Langres et de la province d'Île-de-France. Elle était siège d'une prévôté royale ressortissant au bailliage de Tonnerre et d'un fief relevant du comté de Tonnerre, avec appel au bailliage d'Ancy-le-Franc. En 1793, érigée en commune, Pacy est rattachée au canton d'Ancy-le-Franc et au district de Tonnerre, puis à l'arrondissement de Tonnerre en 1801. Depuis 1926, la commune appartient à l'arrondissement d'Avallon. En 1961, elle prend son nom actuel : Pacy-sur-Armançon.