Une petite partie du fonds de la sénéchaussée-siège présidial est déposée au dépôt des archives du district de Lyon en 1790 ; la plus grande partie est alors conservée au greffe du tribunal du district. Il s'agit essentiellement de documents relatifs aux Etats généraux de 1789. Le supplément, composé de cahiers de doléances de 1789, provient du versement effectué par le greffe du Tribunal civil de Lyon en 1927. En 1943, les Archives municipales de Lyon ont remis en don aux Archives départementales 83 registres d'insinuations contenant les séries des aliénations, des donations et des testaments du XVIe siècle signalés notamment dans l'inventaire dactylographié de la série FF, à l'exception d'un fragment classé dans cette même série ; la présence de ces documents à la ville de Lyon s'explique par la vente qui avait été faite, en 1554 par Henri II, du greffe des insinuations au consulat "pour les contrats d'aliénations, d'héritages perpétuels purs et irrévocables, donations et testaments" ; le greffe a appartenu à la ville de Lyon jusqu'en 1562. La sous-série 1 B est constituée de 34 articles dont la première partie a été cotée B 3-31 par l'archiviste départemental Jean-Prosper Gauthier en 1864 et la seconde partie composée de 4 articles a été cotée B 31.2-5 par Claude Faure en 1927 ; en 2006, à la faveur du reconditionnement des archives, Nathalie Favre-Bonvin, attachée de conservation, a recoté ces articles en 1 B 3-35 sans pour autant réorganiser les analyses au sein d'un plan de classement. Tous les autres articles de la Sénéchaussée de Lyon, bien plus nombreux, ont été classés en sous-série BP (B provisoire) successivement par M. François Blanchet en 1934, Mlle Jacqueline Roubert, MM. Paul Cattin et Philippe Paillard au cours des années 1960 puis par Mme Annie Charnay dans les années 1980. Il faut signaler que de nombreuses cotes sont vacantes comme par exemple les cotes BP 1-276 et BP 4200-4504, probablement réservées pour les affaires générales d'une part et pour les procédures. On observe aussi une cote réservée par année pour les procédures criminelles, même si pour finir l'archiviste a choisi de coter la série d'archives par mois. Lors du reconditionnement du fonds en 2006, Nathalie Favre-Bonvin a coté une série d'archives de productions de la sénéchaussée de Lyon en BP 4642-5602, sans les indexer. De plus, elle a provisoirement coté un vrac d'archives redécouvert en 2005 en sous-séries non réglementaires 39 DEM et 40 DEM. Elle a également établi le présent répertoire méthodique, et non numérique, car il ne suit pas l'ordre des cotes ; ce répertoire dactylographié ainsi que les index manuscrits des inventaires après décès, des insinuations, des procédures civiles et des rapports d'experts font l'objet d'une informatisation depuis 2004 ; ils seront progressivement mis en salle d'ici 2008.